Opis

MrBayes je program za Bayesovo zaključivanje i izbor modela u širokom rasponu filogenetskih i evolucijskih modela. MrBayes koristi metode Markovljevog lanca Monte Carlo (MCMC) za procjenu posteriorne distribucije parametara modela.


Dostupne verzije

VerzijaModulSupekPadobran
3.2.7ascientific/MrBayes/3.2.7a(error)  (tick) 
3.2.7ascientific/MrBayes/3.2.7a-gpu(tick) (error) 
3.2.5scientific/MrBayes/3.2.5(error) (tick) 


Primjer korištenja

  • Primjeri dolaze sa samim programom i nalaze se u /apps/scientific/mrbayes/3.2.7a/share/examples
  • mb je inače serijski program, kompajlan je sa mpi-em kako bi paralelizirali poslove

Korištenje na Padobranu

mb.pbs
#!/bin/bash

#PBS -N mb-test
#PBS -l select=1:ncpus=2:mem=10GB
#PBS -j oe

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/MrBayes/3.2.7a

mpiexec mb hymfossil.nex


Korištenje na Supeku

  • U slučaju velikog broja generacija i run-ova u nex datoteci preporuča se izvesti račun na Supeku
  • Korištenje više gpu nije preporučljivo pošto ih BEAGLE knjižnica ne koristi učinkovito 
  • walltime odrediti otprilike koliko mr-bayes zada u log-u
gpu
#!/bin/bash

#PBS -N mrbayes-test_gpu
#PBS -l select=1:ncpus=1:mem=10GB:ngpus=1
#PBS -l walltime=120:00:00
#PBS -q gpu

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/mrbayes/3.2.7a-gpu

mb All3_75_EDMv3_mrbayesblock.nex > log


  • No labels