Opis

Molden je besplatna aplikacija za vizualizaciju molekularnih struktura u računalnoj kemiji.

Podržava različite formate datoteka, uključujući Gaussian, GAMESS i druge, a omogućuje prikaz molekulskih orbitala, elektronske gustoće, vibracijskih modova itd. Također ima mnoge alate za prilagodbu prikaza i analizu podataka.

Službena dokumentacija

Verzije

VerzijaModulPodrškaSupekPadobran
6.9scientific/molden/6.9CPUcheck mark button check mark button 

Napomene

Kako bi se aplikacija uspješno pokrenula, potrebno je spojiti se na pristupni čvor uz prosljeđivanje X11.

U slučaju korištenja Linuxa ili macOS-a, koristite naredbu:

ssh -X -i ~/.ssh/id_rsa username@login-cpu.hpc.srce.hr

U slučaju korištenja Windowsa, potrebno je preuzeti aplikaciju Xming te je pokrenuti prije pokretanja PuTTY-ja.

Unutar PuTTY-ja, potrebno je uključiti X11 forwarding (Connection → SSH → X11, Enable X11 forwarding).

Primjer korištenja

module load scientific/molden/6.9
gmolden azithromycin.xyz