Opis
HMMER se koristi za pretraživanje baza podataka sekvenci za homologe sekvenci i za usklađivanje sekvenci. Implementira metode koje koriste probabilističke modele koji se nazivaju profil skriveni Markovljevi modeli (profil HMM). HMMER se često koristi zajedno s bazom podataka profila, kao što je Pfam ili mnoge baze podataka koje sudjeluju u Interprou.
Ali HMMER također može raditi sa sekvencama upita, ne samo s profilima, baš kao BLAST. Na primjer, sekvencu upita proteina možete pretraživati u bazi podataka s phmmerom ili napraviti iterativno pretraživanje s jackhmmerom. HMMER je dizajniran za otkrivanje udaljenih homologa što je moguće osjetljivije, oslanjajući se na snagu svojih temeljnih modela vjerojatnosti. U prošlosti je ova snaga dolazila uz značajne troškove računanja, ali od novog projekta HMMER3, HMMER je sada u biti jednako brz kao BLAST.
Verzije
| Verzija | Modul | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|
| 3.4 | scientific/hmmer/3.4 |  |  |
Službena dokumentacija
Primjer korištenja
- Dostupne baze za korištenje
- PFAM
#!/bin/bash #PBS -N hmmer-test #PBS -q cpu #PBS -l ncpus=8 cd $PBS_O_WORKDIR module load scientific/hmmer/3.4 hmmsearch --cpu $NCPUS $HMMDB/pfam/Pfam-A.hmm globins45.fa