Korištenje

Dostupne verzije i pripadajući moduli:

VerzijaModul
0.23.1bioinfo/fastp

Primjer skripte za opis poslova:

fastp.sge
#!/bin/bash
#$	-N fastp1
#$ 	-cwd
#$	-q a16.q

module load bioinfo/fastp 

fastp -i R1.fq -o out.fq
Podnošenje posla
qsub fastp.sge


Instalacija

Preduvjeti za instalaciju: libdeflate i libisal

Instalacija:

  • Compile je izveden sa intel/2019
  • autoconf, automake, libtools, nasm (>=v2.11.01) i yasm (>=1.2.0) su potrebni za izgradnju isa-l


1.Instalacija libisal
module load intel/2019
git clone https://github.com/intel/isa-l.git
cd isa-l
./autogen.sh
CC=icc FC=ifort ./configure --prefix=/home/usr/isa-l --libdir=/home/usr/isa-l/lib64
make
make install


2.Instalacija libdeflate
export PREFIX="$HOME/libdeflate"
git clone https://github.com/ebiggers/libdeflate.git
cd libdeflate
make
make install


3.Instalacija fastp
export LIBRARY_DIRS="/home/usr/isa-l/lib64/ /home/usr/libdeflate/lib"
git clone https://github.com/OpenGene/fastp.git
cd fastp
CXX=icpc make
make install


.so fileovi od libisal i libdeflate su prebačeni u /apps/bioinfo/fastp/isa-l /apps/bioifo/libdeflate/, fastp bin je prebačen u /apps/bioinfo/fastp/0.23.1/


  • No labels