Dostupne verzije i pripadajući moduli:

VerzijaModul
1.1omsv/1.1

Primjer skripte za opis poslova:

omsv.sge
$ -N OMSV
#$ -q p28.q
#$ -pe *mpisingle 14
#$ -cwd

module load omsv/1.1

java aldenjava.opticalmapping.OMTools OMBlastMapper --optmapin $OMDATA/NA12878.cmap --refmapin hg38_r.cmap --filtermode 1 --alignmentjoinmode 1 --min
score 0.3 --thread $NSLOTS --optresout NA12878_OMB.oma
refaligner.sge
#$ -N RefAligner
#$ -q p28.q
#$ -pe *mpisingle 14
#$ -cwd

export OMP_NUM_THREADS=$NSLOTS

module load omsv/1.1

RefAligner -i $OMDATA/NA12878.cmap -ref $OMDATA/hg38_r.cmap -o NA12878_Ref -M 3 3 -FP 0.918057 \
-FN 0.099062 -sf 0.233588 -sd 0.090609 -S 0 -minlen 100 -minsites 5 -T 1e-9 \
-res 3.5 -maxthreads $NSLOTS -resSD 0.7 -Mfast 0 -biaswt 0 -A 5 -BestRef \
1 -nosplit 2 -outlier 1e-5 -endoutlier 1e-5 -f -hashgen 5 3 2.4 1.4 0.05 5.0 1 \
1 -hash -hashdelta 10 -Hash_Bits 23 -MHash_Bits 25 -HHash_Bits 18
  • No labels