Dostupne verzije i pripadajući moduli

VerzijaModul
1.3.1

bioinfo/goatools/1.3.1

Korištenje

Verzija 5.1 instalirana je conda odnosno mamba package managerom.

Aplikacija se ne može širiti van jednog čvora pa je obavezno korištenje mpisingle paralelne okoline.

goatools.sge
#!/bin/bash
#$ -N goatools_test
#$ -cwd
#$ -pe *mpisingle 4

module load bioinfo/goatools/1.3.1

export OMP_NUM_THREADS=$NSLOTS

find_enrichment.py --pval=0.05 --indent data/study \
data/population data/association

Instalacija

conda create -p /apps/virtenv/goatools/1.3.1 python=3.8
conda activate /apps/virtenv/goatools/1.3.1
mamba install -c bioconda goatools=1.3.1


  • No labels