Astral

Opis

ASTRAL je alat za procjenu neukorijenjenog stabla vrsta s obzirom na skup neukorijenjenih genskih stabala. ASTRAL je statistički dosljedan prema koalescentnom modelu s više vrsta (i stoga je koristan za rukovanje nepotpunim sortiranjem loze, tj. ILS).

ASTRAL pronalazi stablo vrsta koje ima najveći broj zajedničkih induciranih kvartet stabala sa skupom genskih stabala, podložno ograničenju da skup biparticija u stablu vrsta dolazi iz unaprijed definiranog skupa biparticija.

Verzije

Verzija	Modul	Supek	Padobran
5.7.8	scientific/Astral/5.7.8

Dokumentacija

• https://github.com/smirarab/ASTRAL/blob/master/astral-tutorial.md#running-astral

Primjer

• Primjer je preuzet sa:
  • https://github.com/smirarab/ASTRAL/tree/master/main/test_data
• Aplikacija nema mogućnost širenja na više cpu-a

#!/bin/bash

#PBS -N Astral-test
#PBS -q cpu

cd $PBS_O_WORKDIR
module load scientific/Astral/5.7.8

astral.sh astral -i  1KP-genetrees-BS10.tre