Opis

Dorado je visokoučinkovit, jednostavan za korištenje ,pozivatelj baza za čitanje Oxford Nanopore.


Dostupne verzije:

VerzijaModulSupekPadobran
0.6.0scientific/dorado/0.6.0(tick) (error) 


Službena dokumentacija

Primjer korištenja

#!/bin/bash

#PBS -N dorado-run-gpu
#PBS -l select=1:ngpus=1
#PBS -q gpu

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/dorado/0.6.0

dorado basecaller $MOD/dna_r9.4.1_e8_hac@v3.3 test/ > test.bam

Dorado ima zadanu opciju cuda:all za sve vidljive grafičke procesore, sa ngpus ograničavamo taj broj. 


Dorado ima opciju automatski prepoznati modelkoji je potreban, skinuti ga i izbrisati nakon upotreben,no čvorovi nemaju pristup interentu, ta opcija nije moguća.

#!/bin/bash

#PBS -N dorado-run-cpu
#PBS -l select=1:ncpus=20:mem=200GB
#PBS -q cpu

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/dorado/0.6.0

dorado basecaller $MOD/dna_r9.4.1_e8_hac@v3.3 test/ -x "cpu" > test.bam
Sa opcijom -x "cpu" Doradu zadamo da koristi obične procesore, znantno je sporije izvođenje posla u odnosu sa grafičkim procesorima i koristi puno radne memorije.