Opis

Transrate je softver za analizu kvalitete sklapanja de-novo transkriptoma. Detaljno ispituje vaš sklop i uspoređuje ga s eksperimentalnim dokazima kao što su čitanja sekvenciranja, izvještavanje o rezultatima kvalitete za kontigove i sklopove. To vam omogućuje da birate između asemblera i parametara, filtrirate loše kontigove iz sklopa i pomažete odlučiti kada prestati pokušavati poboljšati sklop.

Dostupne verzije

VerzijaModulSupekPadobran
1.0.3 scientific/transrate/1.0.3(error) (tick) 

Službena dokumentacija

Primjer

#!/bin/bash

#PBS -N tr-test
#PBS -l select=1:ncpus=12
#PBS -q cpu

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/transrate/1.0.3

transrate.sh transrate --assembly test_contig_nc3.fa --reference test_reference_nc1.fa --threads $NCPUS