Transrate je softver za analizu kvalitete sklapanja de-novo transkriptoma. Detaljno ispituje vaš sklop i uspoređuje ga s eksperimentalnim dokazima kao što su čitanja sekvenciranja, izvještavanje o rezultatima kvalitete za kontigove i sklopove. To vam omogućuje da birate između asemblera i parametara, filtrirate loše kontigove iz sklopa i pomažete odlučiti kada prestati pokušavati poboljšati sklop. |
Verzija | Modul | Supek | Padobran |
---|---|---|---|
1.0.3 | scientific/transrate/1.0.3 |
#!/bin/bash #PBS -N tr-test #PBS -l select=1:ncpus=12 #PBS -q cpu cd $PBS_O_WORKDIR module load scientific/transrate/1.0.3 transrate.sh transrate --assembly test_contig_nc3.fa --reference test_reference_nc1.fa --threads $NCPUS |