STAR, što znači "Spliced Transcripts Alignment to a Reference" (Usporedba Izrezanih Transkripata s Referencom), popularan je softverski alat u području bioinformatike. STAR se koristi prije svega za usklađivanje RNA-Seq podataka, tehnike sekvenciranja visokog protoka koja se koristi za proučavanje izražavanja gena i profila transkriptoma. Razvijen je kako bi učinkovito i točno mapirao RNA-Seq očitanja na referentni genom, identificirao mjesto spajanja između izreza i kvantificirao razine izražavanja gena. Evo nekih ključnih značajki i funkcija softvera STAR:
Brzo i Točno Uspoređivanje: STAR je poznat po svojoj visokoj brzini usklađivanja i preciznosti. Koristi dvostupanjski proces, uključujući usklađivanje sjemena i usklađivanje mjesta spajanja, kako bi učinkovito obrađivao poznate i nove spojne točke.
Podrška za Različite Vrste Podataka: STAR može uskladiti različite vrste RNA-Seq podataka, uključujući očitanja jednostrukog kraja i očitanja parnog kraja, kao i podatke s različitih platformi za sekvenciranje (Illumina, Ion Torrent itd.).
Otkrivanje Mjesta Spajanja: STAR je posebno dobar u otkrivanju mjesta spajanja i preciznom usklađivanju očitanja preko egzonskih granica, što je važno za identificiranje alternativnih splicing događaja i novih transkripata.
Kvantifikacija Izražavanja Gena: Softver kvantificira razine izražavanja gena brojanjem broja očitanja koja se usklađuju s svakim genom ili transkriptom, omogućavajući istraživačima točno mjerenje izražavanja gena.
Spajanje Kimeričkih Izraza: STAR također može identificirati kimeričke fuzijske događaje, što je važno u istraživanju raka za otkrivanje fuzija gena i rearanžmana.
Višenitno i Paralelno Procesiranje: STAR je dizajniran kako bi iskoristio više CPU jezgara, što ga čini prikladnim za okoline visokih performansi (HPC).
Prilagodljiv: Korisnici mogu konfigurirati različite parametre i opcije kako bi prilagodili STAR specifičnim eksperimentalnim postavkama i referentnim genomima.
Otvorenog Koda: STAR je otvoreni softver, a izvorni kôd je besplatno dostupan za prilagodbu i izmjene.
STAR je postao široko prihvaćeni alat u analizi RNA-Seq zbog svoje brzine i preciznosti, što ga čini važnim dijelom bioinformatičkog procesa za proučavanje izražavanja gena, alternativnog spajanja i drugih aspekata transkriptomike. Istraživači ga koriste za obradu sirovih RNA-Seq podataka, usklađivanje očitanja s referentnim genomom i kvantificiranje razina izražavanja gena, što je ključno za mnoga genomika i transkriptomika istraživanja.
| Verzije | Modul | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|
| 2.7.11a | scientific/STAR/2.7.11a | | |
#!/bin/bash #PBS -N STAR-ex #PBS -l select=1:ncpus=32:mem=10GB #PBS -j oe cd $PBS_O_WORKDIR module load scientific/STAR/2.7.11a STAR --runThreadN $NCPUS --runMode genomeGenerate --genomeDir index --genomeFastaFiles GCF_000001735.4_TAIR10.1_genomic.fna --sjdbGTFfile genomic.gff --sjdbOverhang 149 |