View Source

Verzija	Modul
1.0.3	bioinfo/transrate/1.0.3

Korištenje

#!/bin/bash
#$ -N transrate_test
#$ -cwd
#$ -pe *mpisingle 6

module load bioinfo/transrate/1.0.3

transrate --assembly test_contig_nc3.fa --reference test_reference_nc1.fa --threads $NSLOTS

Instalacija

Potrebno je skompajlati i dodati libove za boost 1.60.0
Potrebno je ručno downgradeat snap-aligner na 1.0dev96

source /apps/mambaforge/mamba/bin/activate
mamba create -p /apps/virtenv/transrate/1.0.3 python=3.8
mamba activate /apps/virtenv/transrate/1.0.3
mamba install -c bioconda transrate
mamba install -c biocore blast-plus