FreeBayes je Bayesovski detektor genetskih varijanti dizajniran za pronalaženje malih polimorfizama, posebno SNP-ova (polimorfizama pojedinačnih nukleotida), indela (umetanja i delecija), MNP-ova (polimorfizama višestrukih nukleotida) i složenih događaja (složene kombinacije umetanja i supstitucija) manjih od duljine poravnanja sekvenciranja kratkih očitanja.
Verzije
| Verzija | Modul | Podrška | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|---|
1.3.9 | scientific/freebayes/v1.3.9 | CPU |  |
Službena dokumentacija
https://github.com/freebayes/freebayes
Primjer
pokretanje_posla.pbs
#!/bin/bash
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus5:mem=2GB
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/freebayes/v1.3.9
# Pokretanje primjera
freebayes-run freebayes -f ulazna_fa_datoteka.fa ulazna_bam_datoteka.bam >var.vcf