...
Za raspoređivanje i upravljanje poslovima na računalnom klasteru Isabella koristi se SGE (engl. Sun Son of Grid Engine), klasterski sustav za upravljanje poslovima (engl. job management system, JMS). U ovom dokumentu opisano je korištenje SGE verzije 8.
...
Prilikom pokretanja poslova korisnik može detaljnije opisati koji uvjeti trebaju biti ispunjeni za posao. Primjerice, moguće je zahtijevati samo određenu arhitekturu radnog čvora, količinu memorije ili vrijeme izvršavanja. Navođenje potrebnih resursa omogućava bolje raspoređivanje poslova, a poslovima daje veći prioritet (vidi LINKviše na stranici Prioriteti na Isabelli).
Potrebni resursi se navode pomoću parametra -l:
...
Primjer posla koji zahtijeva 20 CPU jezgara i 10 GB radne memorije po procesu (poslu će ukupno biti dodijeljeno 200 GB radne memorije):
Code Block #$ -pe *mpi 20 #$ -l memory=10
Posao zahtijeva 100 GB prostora na scratchu:
Code Block #$ -pe *mpisingle 4 #$ -l scratch=25
...
Popis dostupnih redova poslova na Isabelli može se pronaći na ???Redovi poslova i paralelne okoline???.
Obavijesti o stanju posla
...
Detaljne informacije o svim poslovima izvršenim na klasteru (oprez: velika količina podataka):
Code Block $ qacct -j
Prikaz informacija o svim poslovima definiranog korisnika:
Code Block $ qacct -j -o <korisnik>
Prikaz sažetka potrošnje računalnih resursa definiranog korisnika (ako se ne definira
<korisnik>, prikazuju se podaci za sve korisnike):Code Block $ qacct -o <korisnik>
Prikaz informacija o svim poslovima za definirani projekt:
Code Block $ qacct -j -P <projekt>
Prikaz sažetka potrošnje definiranog projekta (ako se ne definira
<projekt>, prikazuju se podaci za sve projekte):Code Block $ qacct -P <projekt>
Šalabahteri
Linux šalabahter
Kretanje po datotečnom sustavu
| Naredba | Opis naredbe |
|---|---|
pwd | Prikazuje trenutačnu lokaciju korisnika. Lokacija se prikazuje u obliku apsolutne putanje do trenutačnog direktorija. |
cd | Promjena trenutačnog direktorija (cd - change directory). |
cd - | Povratak u prethodni direktorij. |
Upravljanje direktorijima
| Naredba | Opis naredbe |
|---|---|
mkdir dir1 | Kreira direktorij imena |
mkdir -p /tmp/novi/dir1 | Opcija -p automatski kreira potrebne poddirektorije. |
rm -rf dir1/* | Briše sve datoteke i poddirektorije unutar direktorija dir1, tj. ostavlja direktorij dir1 praznim. |
rm -rf dir1/ | Briše sve datoteke i poddirektorije uključujući i dir1. |
Kopiranje datoteka i direktorija
| Naredba | Opis naredbe |
|---|---|
cp dat1 dat2 | Kopira datoteku dat1 u dat2 (dat1 je nepromijenjena). |
cp dat1 dir/ | Kopira datoteku dat1 u direktorij dir. |
cp -r dir1/* dir2/ | Kopira sve datoteke iz direktorija dir1 u direktorij dir2 bez samog direktorija dir1. |
cp -r dir1/ dir2/ | Kopira sve datoteke i poddirektorije u direktoriju dir u direktorijdir2, uključujući direktorij dir1. |
Premještanje i preimenovanje datoteka i direktorija
| Naredba | Opis naredbe |
|---|---|
mv dat1 dat2 | Preimenuje datoteku dat1 u dat2 |
mv dat1 dir1 | Ako je dir1 ime direktorija, premješta datoteku dat1 u direktorijdir1 |
Promjena zaporke
| Naredba | Opis naredbe |
|---|---|
passwd | Promjena zaporke trenutnog korisnika. Naredba prvo traži upis stare lozinke, a zatim traži da se upiše nova lozinka (dva puta). Napomena: prilikom upisivanja lozinke, iz sigurnosnih razloga, u terminalu se ne ispisuje tekst. |
Automatsko nadopunjavanje i pretraživanje povijesti naredbi
| Naredba | Opis naredbe |
|---|---|
| [Tab] | Brzo nadopunjavanje naredbi. Kad korisnik počne pisati naredbu, npr. passwd, može napisati prvih nekoliko slova (npr. pass) i pritisnuti tipku [Tab]. Ljuska će tada automatski završiti naredbu ili ispisati sve naredbe koje započinju nizom pass. Na isti način se mogu nadopunjavati imena datoteka na disku. |
| [Ctrl] + [r] | Pretraživanje povijesti naredbi. U terminalu, držite pritisnutu tipku [Ctrl] i pritisnete tipku [r]. Počnete pisati slova iz naredbe, i pojavljuju vam se prijašnje naredbe koje sadržavaju slova koja tipkate. Ako želite rotirati kroz sve naredbe koje sadrže utipkana slova, ponovno stisnete [Ctrl] + [r]. |
Naredbe za dohvaćanje uputa
| Naredba | Opis naredbe |
|---|---|
man | Upute za korištenje naredbi sustava. Ako želite vidjeti kako se koristi, npr. naredba ls, za otvaranje man-stranice napisat ćete man ls. |
<naredba> [-h/--help] | Dobar dio aplikacija ima mogućnost dohvaćanja uputa korištenjem parametara -h ili --help (ne vrijedi za sve aplikacije!). |
SGE šalabahter
Podnošenje poslova
| Naredba | Opis naredbe |
|---|---|
qsub | Podnosi posao i vraća ID posla. |
Provjera stanja poslova
| Naredba | Opis naredbe |
|---|---|
qstat | Prikazuje stanje poslova na klasteru za trenutnog korisnika. |
qstat -f | Prikazuje stanje poslova i čvorova. |
qstat -s rpsh | Prikazuje: p - poslove koji čekaju u redu; r - aktivne poslove; s -privremeno zaustavljene aktivne poslove; h - privremeno zaustavljene poslove u redu. |
qstat -g c | Prikazuje sažetak stanja pojedinih redova poslova. |
qstat -j <job_id> | Prikazuje detaljan prikaz informacija o jednom poslu. |
qstat -u <user> | Prikaz poslova određenog korisnika ("*"- za sve) |
qstat -pe <name> | Prikaz poslova koji koriste definiranu paralelnu okolinu. |
qstat -q <queue> | Prikaz poslova u definiranom redu poslova. |
Zaustavljanje poslova
| Naredba | Opis naredbe |
|---|---|
qdel <job_id> | Posao se u potpunosti zaustavlja ili miče iz reda čekanja. |
qdel -u <user> | Zaustavljaju se svi poslovi zadanog korisnika. |
qdel -f <job_id> | Prisilno zaustavljanje za zaglavljene poslove. |
Informacije o završenim poslovima
| Naredba | Opis naredbe |
|---|---|
qacct -j <job_id> | Detaljne informacije o poslu s ID-jem <job_id>. |
qacct -j | Detaljne informacije o svim poslovima (velika količina podataka). |
qacct -j -o <user> | Prikaz informacija o svim poslovima definiranog korisnika. |
qacct -o <user> | Prikaz sažetka potrošnje definiranog korisnika; ako se ne definira <user>, prikazuju se podaci za sve korisnike. |
qacct -slots [<count>] | Prikaz sažetka svih poslova koji su koristili zadani broj procesora; ako se ne definira <count>, prikazuju se podaci za sve vrijednosti. |
qacct -j -P <project> | Prikaz informacija o svim poslovima za definirani projekt. |
qacct -P <project> | Prikaz sažetka potrošnje definiranog projekta; ako se ne definira <project>, prikazuju se podaci za sve projekte. |
qacct -j -q <queue> | Prikaz informacija o svim poslovima za definirani red poslova. |
qacct -q <queue> | Prikaz sažetka potrošnje definiranog reda poslova. |