...
| Verzija | Modul |
|---|
| 2.3.8 | bioinfo/OrthoFinder/2.3.8 |
Primjer korištenja
Aplikacija OrthoFinder ne radi na pristupnom čvoru zbog dozvola memorije "/dev/shm" ali uredno radi na radnim čvorovima. Prilikom pokretanja poslova potrebno je staviti opciju "-t $NSLOTS" da se ne raširi po čitavom čvorukako bi se aplikacija širila prema zatraženom broju CPU jezgara/slotova.
| Code Block |
|---|
|
#!/bin/bash
#$ -N test
#$ -pe mpisingle 8
#$ -cwd
module load bioinfo/OrthoFinder/2.3.8
orthofinder -h |
...
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| title | OrthoFinder.sge |
|---|
|
#!/bin/bash
#$ -N test
#$ -pe mpisingle 8
#$ -cwd
module load bioinfo/OrthoFinder/2.3.8
orthofinder -t $NSLOTS -f /apps/bioinfo/OrthoFinder/2.3.8/ExampleData/ -o $PWD/test -S diamond
|
...
| Code Block |
|---|
qsub OrthoFinder.sge |
| Warning |
|---|
|
Nužno je koristiti paralelne okoline *mpisingle jer je aplikacija paralelizirana dijeljenjem memorije (shared memory parallel model) |
Parametri instalacije aplikacije
...