#!/bin/bash
#$ -N MizoZMitoZ
#$ -cwd
#$ -pe *mpi 4

module load MitoZ/2.3

cp /apps/MitoZ/2.3/test/test.1.fq.gz .
cp /apps/MitoZ/2.3/test/test.2.fq.gz .

fq1=test.1.fq.gz
fq2=test.2.fq.gz
outprefix=test
MitoZ all2 \
--genetic_code 5 \
--clade Arthropoda \
--insert_size 250 \
--thread_number 4 \
--fastq1 $fq1 \
--fastq2 $fq2 \
--outprefix $outprefix \
--fastq_read_length 125 \
1>m.log 2>m.err