...

Primjer korištenja

module load xtb/*verzija*

...

module load xtb/*verzija*
export OMP_STACKSIZE=1G
export OMP_NUM_THREADS=$NSLOTS,1
export OMP_MAX_ACTIVE_LEVELS=1

U slučaju da neki od dijelova zahtjeva više memorije, program je moguće pokrenuti na ScaleMP vSMP čvoru.

Korištenje paketa na ScaleMP vSMP čvoru

Za korištenje XTB paketa na ScaleMP vSMP čvoru pripremljen je poseban modul xtb/vsmp. Osim XTB programa kroz modul je moguće pokretati programe enso.py, crest i anmr.

Pokretanje XTB programa

Za pokretanje programa, potrebno je imati datoteku u formatu:

  20

C     2.081440     0.615100    -0.508430
C     2.742230     1.824030    -1.200820
N     4.117790     1.799870    -1.190410
C     4.943570     2.827040    -1.822060
C     6.440080     2.569360    -1.637600
O     7.351600     3.252270    -2.069090
N     0.610100     0.695090    -0.538780
O     2.095560     2.724940    -1.739670
O     6.705220     1.463410    -0.897460
H     0.303080     1.426060     0.103770
H     0.338420     1.050680    -1.460480
C     2.488753    -0.593400    -1.198448
H     2.416500     0.557400     0.532050
H     4.614100     1.081980    -0.670550
H     4.699850     3.794460    -1.373720
H     4.722890     2.844690    -2.894180
H     7.687400     1.448620    -0.860340
H     2.029201    -1.457008    -0.719999
H     2.170233    -0.542411    -2.238576
H     3.572730    -0.688405    -1.154998

primjer skripte za pokretanje posla:

#!/bin/bash
#$ -N xtb_job 
#$ -cwd
#$ -pe vsmp 2
#$ -j y
module load xtb/vsmp
# Setting stacksize to unlimited
ulimit -s unlimited

#Use RAM as scratch
export TMPDIR="/ramfs/$TMPDIR"
export CORES=$(numabind --offset $NSLOTS)

taskset -c $CORES xtb -P $NSLOTS struc.xyz

Pokretanje CREST programa

Prije nego se pokrene posao koji koristi crest program, nužno je izvesti slijedeće naredbe u direktoriju u kojem će se pokrenuti skripta za posao:

module load xtb/vsmp
set_crest_at puna_adresa_direktorija_u_kojem_ce_se_izvoditi_program_crest_i_enso

Program set_crest_at doprema program crest u zadani direktorij (npr. /home/korisnik/analiza), ako direktorij ne postoji program će ga sam napraviti i spremiti datoteke u njega.  Osim programa crest dopremaju se i .ensorc i flags.dat datoteke koje su nužne za korištenje enso.py programa.

Ako se set_crest_at ne zada adresa, program će dopremiti datoteke u direktorij u kojem je on pokrenut. Taj direktorij se automatski upisuje u .ensorc datoteku.

O programu crest i njegovim opcijama više na mrežnim stranicama. 

#!/bin/bash
#$ -N crest_job 
#$ -cwd
#$ -pe vsmp 2
#$ -j y
module load xtb/vsmp
# Setting stacksize to unlimited
ulimit -s unlimited

#Use RAM as scratch
export TMPDIR="/ramfs/$TMPDIR"
export CORES=$(numabind --offset $NSLOTS)

taskset -c $CORES crest_run struc.xyz -T $NSLOTS -gfn2 -g chcl3 -nmr

Dio koda -T $NSLOTS nužan je kako bi se program pokretao na broju jezgara koji je tražen, a sve nakon njega su primjeri opcija samog programa.

Pokretanje ENSO programa

Enso program ima određene zahtjeve kako bi se mogao uspješno izvršiti, a dva su postojanje datoteka .ensorc i flags.dat. Obje datoteke služe za podešavanje parametara i opcija programa enso. U programu .ensorc upisane su lokacije svih potprograma koje zahtjeva enso. Jedan od njih je i crest, a njegova lokacija je upisana pokretanjem programa set_crest_at. Ako se skripta za izvođenje posla programa enso ne izvodi u direktoriju u kojem se nalazi crest i ako to nije isti direktorij upisan u .ensorc doći će do neuspješnog izvođenja posla!!!

Prije pokretanja pravog posla, savjetuje se pokretanje programa s opcijom  --checkinput kako bi se provjerili svi uvjeti za izvođenje programa

#!/bin/bash
#$ -N enso_job 
#$ -cwd
#$ -pe vsmp 2
#$ -j y
module load xtb/vsmp
# Setting stacksize to unlimited
ulimit -s unlimited

#Use RAM as scratch
export TMPDIR="/ramfs/$TMPDIR"
export CORES=$(numabind --offset $NSLOTS)

taskset -c $CORES enso --checkinput

Nakon uspješne provjere posao se pokreće tako da se umjesto --checkinput upiše --run opcija.

O programu enso i njegovim opcijama više na mrežnim stranicama. 

Pokretanje ANMR programa

Anmr program moguće je izvesti nakon uspješnog izvođenja programa crest (s uključenom opcijom -nmr), te uspješnog izvođenja programa enso.

Za razliku od xtb, crest i enso programa, anrm nije moguće izvesti na ScaleMP vSMP čvoru već se on pokreče na bilo kojem drugom čvoru.

#!/bin/bash
#$ -N anmr_job
#$ -cwd
#$ -pe p28-mpisingle 2
#$ -j y
module load xtb/vsmp
ulimit -s unlimited
export OMP_NUM_THREADS=$NSLOTS,1
anmr --mss 10

Savjetuje se zadržavanje parametra --mss 10 ili manje zbog mogućeg problema s količinom memorije.

O programu anmr i njegovim opcijama više na mrežnim stranicama.