GROMACS je paket za izvođenje simulacija dinamike molekula, npr. simulacija Newtonovih jednadžbi gibanja sistema s velikim brojem čestica (od nekoliko tisuća, pa do više milijuna). Primarno je dizajniran za biokemijske molekule kao što su proteini, lipidi i nukleinske kiseline koje imaju velik broj kompliciranih vezanih interakcija, ali s obzirom da je GROMACS iznimno brz pri računanju nevezanih interakcija, mnogi ga koriste i za istraživanje ne bioloških sistema tipa polimera.

GROMACS podržava sve tipične algoritme očekivane kod implementacije dinamike molekula ( više detalja u priručniku), ali pruža iznimno visoke performanse u usporedbi s drugim paketima. Paralelizam se postiže koristeći kombinirajući OpenMPI i OpenMP.

Korištenje

Na klasteru su instalirane varijante programskog paketa Gromacs u višedretvenoj i MPI izvedbi za CPU (klasični procesori) i GPU (grafički procesori).

...