| Table of Contents |
|---|
Modulefiles
Na računalnom klasteru Isabella koristi se alat Modulefiles za podršku instalacije više različitih verzija istih programa. Za svaku verziju dostupnog programa pripremljen je modul u kojem je definirano koje varijable okoline se postavljaju prilikom aktivacije modula. Osnovna naredba za rad s Modulefiles je module. Sve izmjene nad varijablama okoline odnose se isključivo za aktivnu sesiju, odnosno za pokrenuti posao. Stoga je module potrebno aktivirati kod svakog podnošenja posla.
...
| Code Block |
|---|
module show ime_modula |
Prevodioci
Intel
U tablici su navedene dostupne verzije Intel prevodilaca i pripadni moduli. Preporuča se korištenje najnovije verzije - Intel 2019.
...
Koristan link za prevođenje aplikacija s korištenjem knjižnica Intel MKL: Intel MKL link advisor.
GCC
Različite verzije GNU C i C++ prevodilaca su na klaster instalirane iz Software Collections repozitorija.
...
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
module load gcc/8 gcc -v Using built-in specs. COLLECT_GCC=gcc COLLECT_LTO_WRAPPER=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/libexec/gcc/x86_64-redhat-linux/8/lto-wrapper Target: x86_64-redhat-linux Configured with: ../configure --enable-bootstrap --enable-languages=c,c++,fortran,lto --prefix=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr --mandir=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/share/man --infodir=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/share/info --with-bugurl=http://bugzilla.redhat.com/bugzilla --enable-shared --enable-threads=posix --enable-checking=release --enable-multilib --with-system-zlib --enable-__cxa_atexit --disable-libunwind-exceptions --enable-gnu-unique-object --enable-linker-build-id --with-gcc-major-version-only --with-linker-hash-style=gnu --with-default-libstdcxx-abi=gcc4-compatible --enable-plugin --enable-initfini-array --with-isl=/builddir/build/BUILD/gcc-8.2.1-20180905/obj-x86_64-redhat-linux/isl-install --disable-libmpx --enable-gnu-indirect-function --with-tune=generic --with-arch_32=x86-64 --build=x86_64-redhat-linux Thread model: posix gcc version 8.2.1 20180905 (Red Hat 8.2.1-3) (GCC) |
PGI
Dostupan je i PGI Community Edition Version 19.10 prevodioc.
...
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
module load pgi/19.10 pgcc --version pgc++ --version pgfortran --version |
MPI
U tablici su navedene dostupne verzije knjižnica MPI i pripadni moduli. Preporuča se korištenje verzija pripremljenih s Intel prevodiocima.
| Verzija | Prevodilac | Modul |
|---|---|---|
| MVAPICH2 2.0 | GNU 4.8.5 | mpi/mvapich2-2.0-x86_64 mpi/mvapich2-x86_64 |
| MVAPICH2 2.2 | GNU 4.8.5 | mpi/mvapich2-2.2-x86_64 |
| MVAPICH2 2.0 | Intel 2019 | mpi/mvapich2-intel-2.0-x86_64 mpi/mvapich2-intel-x86_64 |
| MVAPICH2 2.2 | Intel 2019 | mpi/mvapich2-intel-2.2-x86_64 |
| OpenMPI 1.10 | GNU 4.8.5 | mpi/openmpi-x86_64 |
| OpenMPI 3.0 | GNU 4.8.5 | mpi/openmpi3-x86_64 |
| OpenMPI 1.10 | Intel 2019 | mpi/openmpi-intel-x86_64 |
| OpenMPI 2.1 | Intel 2017 | openmpi21-intel-x86_64 |
| OpenMPI 3.0 | Intel 2019 | mpi/openmpi3-intel-x86_64 |
MVAPICH2
Primjer pokretanja aplikacije prevedene s MVAPICH2 2.2:
| Code Block |
|---|
module load mpi/mvapich2-intel-2.2-x86_64 mpirun_rsh -np $NSLOTS -hostfile $TMPDIR/machines -export-all applikacija |
OpenMPI
Primjer pokretanja aplikacije prevedene s OpenMPI 3:
| Code Block |
|---|
module load mpi/openmpi3-intel-x86_64 mpirun -np $NSLOTS -machinefile $TMPDIR/machines applikacija |
Korisničke aplikacije
Informacije o korisničkim aplikacijama koje održava Srce možete pronaći na stranicama:
...