...
Detaljan popis i informacije o parametrima moguće je dobiti naredbom man qsub. Napomena: prilikom nabrajanja vrijednosti parametara (npr. -l ili -q) nije dozvoljeno stavljati razmake.
Raspoložive radne okoline
mpi – općeniti paralelni poslovi
mpisingle – sve jezgre se dodjeljuju na jednom radnom čvoru
mpismp – jezgre se dodjeljuju 2 po radnom čvoru
mpismp_4 – jezgre se dodjeljuju 4 po radnom čvoru
mpismp_8 – jezgre se dodjeljuju 8 po radnom čvoru
vsmp – jezgre se dodjeljuju na ScaleMP vSMP čvoru
test – pristup testnom čvoru
Raspoloživi redovi poslova
all.q - red za sve poslove
parallel.q - red za paralelne poslove
tecaj - red za potrebe tečaja
test - red za potrebe testiranja aplikacija (maksimalno trajanje 24 sata)
velebit2 - red za paralelne poslove s resursima iz projekta od MZOE
vsmp.q - red za ScaleMP vSMP čvor
vsmp-test.q - red za potrebe tečaja o ScaleMP
Serijski poslovi
Najjednostavniji oblik SGE poslova su serijski poslovi koji zahtijevaju samo jedan procesor za izvođenje. Za njih obično nije potrebno navoditi nikakve posebne parametre, nego se samo navodi ime programa.
Primjeri korištenja
Serijski poslovi
Najjednostavniji oblik SGE poslova su serijski poslovi koji zahtijevaju samo jedan procesor za izvođenje. Za njih obično nije potrebno navoditi nikakve posebne parametre, nego se samo navodi ime programa.
Primjeri korištenja
1. Primjer skripte bez dodatnih parametara
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
#!/bin/bash
date
|
2. Primjer jednostavne skripte s parametrima
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
#!/bin/bash
#$ -N Date_SGE_script
#$ -o Date_SGE.out
#$ -e Date_SGE.err
date
|
3. Primjer izvođenja programa iz trenutnog direktorija1. Primjer skripte bez dodatnih parametara
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
#!/bin/bash
date
|
2. Primjer jednostavne skripte s parametrima
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
#!/bin/bash#$ -N mojprog #$ -N Date_SGE_scriptP local #$ -o Date_SGEmojprog.out #$ -e Date_SGEmojprog.err date |
3. Primjer izvođenja programa iz trenutnog direktorija
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
#!/bin/bash #$ -N mojprog #$ -P local #$ -o mojprog.out #$ -e mojprog.err #$ -cwd mojprog cwd mojprog |
Interaktivni Interaktivni poslovi
SGE omogućava pokretanje interaktivnih poslova. Kod interaktivnih poslova standardni izlaz i greške se šalju izravno korisniku. Drugi oblik interaktivnih poslova je da korisnik dobije komandnu liniju čvora koji mu je dodijeljen. Za interaktivno izvođenje poslova koristi se naredba qrsh. Preporuča se koristiti ovaj oblik poslova u slučaju kada je potrebno prevesti ili debuggirati aplikacije na čvorovima. Za razliku od korištenja ssh, na ovaj način se daje do znanja SGE-u da su čvorovi zauzeti i da ne pokreće druge poslove na njima. Prilikom interaktivnog izvođenja naredbe potrebno je navesti puni put do naredbe.
...
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
#$ -pe mpisingle 8 mpirun -np $NSLOTS -machinefile $TMPDIR/machines <ime_programa> |
Polja poslova
SGE omogućava izvođenje polja poslova, tj. višestruko pokretanje istog posla. Podposlovi unutar polja se nazivaju zadaci. Svaki zadatak dobija svoj identifikator. Prilikom pokretanja polja poslova korisnik može definirati raspon vrijednosti identifikatora zadataka. Polje poslova i raspon vrijednosti identifikatora se definira parametrom -t:
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
-t <početak>:<kraj>:<korak>
|
Vrijednost <početak> je identifikator prvog zadatka, <kraj> identifikator posljednjeg zadatka, a <korak> vrijednost za koju se uvećava svaki sljedeći identifikator između <početak> i <kraj>.
Korisnik može koristiti SGE varijablu okoline $SGE_TASK_ID za dohvat identifikatora zadatka. Pomoću identifikatora korisnici mogu dodijeliti različite parametre pojedinom zadatku (vidi primjere korištenja). Zadaci mogu biti i paralelni poslovi, pri čemu je potrebno navesti parametre prema uputama iz prethodnog poglavlja.
Primjeri korištenja
Paralelne okoline
Na isabelli je moguće koristiti sljedeće paralelne okoline:
- mpi – općeniti paralelni poslovi
- mpisingle – sve jezgre se dodjeljuju na jednom radnom čvoru
- mpismp – jezgre se dodjeljuju 2 po radnom čvoru
- mpismp_4 – jezgre se dodjeljuju 4 po radnom čvoru
- mpismp_8 – jezgre se dodjeljuju 8 po radnom čvoru
- vmpifull - jezgre se dodjeljuju 28 po radnom čvoru
- vsmp – jezgre se dodjeljuju na ScaleMP vSMP čvoru
- test – pristup testnom čvoru
Polja poslova
SGE omogućava izvođenje polja poslova, tj. višestruko pokretanje istog posla. Podposlovi unutar polja se nazivaju zadaci. Svaki zadatak dobija svoj identifikator. Prilikom pokretanja polja poslova korisnik može definirati raspon vrijednosti identifikatora zadataka. Polje poslova i raspon vrijednosti identifikatora se definira parametrom -t:1. Primjer skripte za pokretanje polja poslova koje se sastoji od 10 zadataka
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
#$ -N starSeeker #$ -o ./taskJobOutput/ #$ -e taskJobErr #$ -t 1-10 ./starSeeker starCluster.t <početak>:<kraj>:<korak> |
Vrijednost <početak> je identifikator prvog zadatka, <kraj> identifikator posljednjeg zadatka, a <korak> vrijednost za koju se uvećava svaki sljedeći identifikator između <početak> i <kraj>.
Korisnik može koristiti SGE varijablu okoline $SGE_TASK_ID
...
za dohvat identifikatora zadatka. Pomoću identifikatora korisnici mogu dodijeliti različite parametre pojedinom zadatku (vidi primjere korištenja). Zadaci mogu biti i paralelni poslovi, pri čemu je potrebno navesti parametre prema uputama iz prethodnog poglavlja.
Primjeri korištenja
1. Primjer skripte za pokretanje polja poslova koje se sastoji od 10 zadataka
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
#$ -N starSeeker
#$ -o ./taskJobOutput/
#$ -e taskJobErr |
2. Primjer skripte za pokretanje polja paralelnih LAM poslova koje se sastoji od 10 zadataka
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
#$ -N starSeeker #$ -o ./taskJobOutput/ #$ -e taskJobErr #$ -pe mpi 4 #$ -t 1-10 mpiexec -machinefile $TMPDIR/machines ./starSeeker starCluster.$SGE_TASK_ID |
Definiranje dodatnih karakteristika poslova
2. Primjer skripte za pokretanje polja paralelnih LAM poslova koje se sastoji od 10 zadataka
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
#$ -N starSeeker
#$ -o ./taskJobOutput/
#$ -e taskJobErr
#$ -pe mpi 4
#$ -t 1-10
mpiexec -machinefile $TMPDIR/machines ./starSeeker starCluster.$SGE_TASK_ID
|
Definiranje dodatnih karakteristika poslova
Prilikom pokretanja poslova korisnik može detaljnije opisati koji uvjeti trebaju biti ispunjeni za posao. PrimjericePrilikom pokretanja poslova korisnik može detaljnije opisati koji uvjeti trebaju biti ispunjeni za posao. Primjerice, moguće je zahtijevati samo određene redove, arhitekturu, količinu memorije ili procesorskog vremena. Opisivanje poslova je iznimno bitno za rad sustava za upravljanje poslovima jer omogućava učinkovitije raspoređivanje poslova.
...
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
$SGE_O_HOST : adresa računala sa kojeg je pokrenut posao $SGE_O_PATH : originalna vrijednost varijable okoline PATH prilikom pokretanja posla $SGE_O_WORKDIR : direktorij iz kojeg je posao pokrenut $SGE_STDOUT_PATH : datoteka u koju se sprema standardni izlaz $SGE_STDERR_PATH : datoteka u koju se sprema standardna greška $HOSTNAME : adresa računala na kojem se izvršava skripta $JOB_ID : SGE identifikator posla $JOB_NAME : ime posla $PE_HOSTFILE : ime datoteke u kojoj su navedene adrese računala $QUEUE : ime reda u kojem se posao izvršava $SGE_TASK_ID : identifikator zadatka kod polja poslova $TMPDIR : ime direktorija u koji se mogu spremati privremene datoteke (/scratch). |
Redovi poslova
Radni čvorovi Isabelle grupirani su u više redova poslova:
- all.q - red za sve poslove
- parallel.q - red za paralelne poslove
- tecaj - red za potrebe tečaja
- test - red za potrebe testiranja aplikacija (maksimalno trajanje 24 sata)
- velebit2 - red za paralelne poslove s resursima iz projekta od MZOE
- vsmp.q - red za ScaleMP vSMP čvor
- vsmp-test.q - red za potrebe tečaja o ScaleMP
Gdje spremati privremene podatke i rezultate?
...