Versions Compared

Old Version 23

changes.mady.by.user Jurica Špoljar

Saved on

compared with

New Version 24

changes.mady.by.user Jurica Špoljar

Saved on

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.

...

Code Block
languagebash
linenumberstrue
#!/bin/bash

#PBS -q cpu
#PBS -l walltime=10:00:00
#PBS -l select=16

module load mpi/openmpi-x86_64

cd ${PBS_O_WORKDIR}

mpiexec pw.x -i calcite.in

MPI + OpenMP (hibridna) paralelizacija

Ako se Vaša aplikacije može paralelizirati hibridno, odnosno dijeliti svoje MPI procese u OpenMP threadove, možete posao pozvati na način kako je prikazano u primjeru GROMACS aplikacije niže:

Tip

OpenMP aplikacije zahtijevaju definiranje varijable OMP_NUM_THREADS . PBS sustav joj automatski pridružuje vrijednost varijable ncpus , definirane u zaglavlju PBS skripte.

Vrijednost varijable select  iz zaglavlja PBS skripte odgovara broju MPI procesa.

Code Block
languagebash
linenumberstrue
#!/bin/bash

#PBS -q cpu
#PBS -l walltime=10:00:00
#PBS -l select=8:ncpus=4:mem=14GB

module load mpi/openmpi-x86_64

cd ${PBS_O_WORKDIR}

mpiexec -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth gmx mdrun -v -deffnm md

Praćenje i upravljanje izvođenja posla

...