Versions Compared

Old Version 21

changes.mady.by.user Maja Arnaut

Saved on

compared with

New Version 22

changes.mady.by.user Marko Kvakić

Saved on

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.

...

Note
titleIzrada kontejnera

Prethodne upute koje koriste sudo pri izgradnji nisu moguće na Supeku jer korisnici nemaju takve ovlasti.

Pri izgradnji ili nadogradnji na Supeku , ovome se doskače korištenjem opcije fakerootkoristite opciju fakeroot (npr. za interaktivnu nadogradnju):

Code Block
[korisnik@x3000c0s27b0n0 ~]$ apptainer shell --writable --fakeroot ...
Tip
titleAPPTAINER_TMPDIR - Staza za privremene datoteke

Pri izgradnji ili nadogradnji, apptainer kreira privremene datoteke koje se spajaju u konačni kontejner i koristi stazu /tmp kao zadani direktorij.

/tmp direktorij na pristupnom poslužitelju je dijelom datotečnog prostora vezanog uz operativni sustav pristupnog poslužitelja i ima ograničen prostor od 178 gigabajta.

U trenutcima jače korisničke aktivnosti, a pogotovo višestruke izgradnje kontejnera koji mogu imati i do desetak gigabajta, zbog zadanog ponašanja s privremenim datotekama može doći do preopterećenja diskovnog prostora i smanjene funkcionalnosti operativnog sustava za sve korisnike.

U svrhu izbjegavanja ovog tipa preopterećenja, preporučeno je postaviti varijablu okoliša APPTAINER_TMPDIR prije izgradnje koja mijenja zadani direktorij i postaviti ga (primjerice) na direktorij unutar /scratch prostora (opisano u primjeru ispod)



Primjer Primjer sandbox izgradnje s dodatnim knjižnicama korištenjem Ubuntu v20.04 operativnog sustava:

Code Block
languagebash
# login na pristupni poslužitelj gpu
[korisnik@kompjuter ~]$ ssh korisnik@login-gpu.hpc.srce.hr
Last login: Wed May 24 09:23:06 2023 from x.x.x.x

# pomicanje u /scratch i kreiranje direktorija za izgradnju
[korisnik@x3000c0s27b0n0 ~]$ cd /scratch/apptainer
[korisnik@x3000c0s27b0n0 apptainer]$ mkdir ${USER}
[korisnik@x3000c0s27b0n0 apptainer]$ cd ${USER}

# postavljanje varijable okoliša za privremene datoteke
[korisnik@x3000c0s27b0n0 korisnik]$ export APPTAINER_TMPDIR=/scratch/apptainer/${USER}

# izgradnja sandbox verzije
[korisnik@x3000c0s27b0n0 korisnik]$ apptainer build --sandbox ubuntu_20.04_sandbox docker://ubuntu:20.04
[korisnik@x3000c0s27b0n0 korisnik]$ apptainer shell --writable --fakeroot ubuntu_20.04_sandbox
Apptainer> ...
Apptainer> ... dodatne komande za izgradnju kontejnera ...
Apptainer> ...
Apptainer> exit

# mijenjanje sanboxa u image, prebacivanje u korisnički i 
[korisnik@x3000c0s27b0n0 korisnik]$ apptainer build ubuntu_20.04.sif ubuntu_20.04_sandbox
[korisnik@x3000c0s27b0n0 korisnik]$ mv ubuntu_20.04.sif ~
[korisnik@x3000c0s27b0n0 korisnik]$ cd ~

# brisanje direktorija za izgradnju
[korisnik@x3000c0s27b0n0 ~]$ rm -rf /scratch/apptainer/${USER}

...