...
| Tip | ||
|---|---|---|
| ||
Dok je u PBS određena putanja za output i error datoteke u direktoriju u kojem se izvode, input i output datoteke samog programa se zadano učitavaju/spremaju u $HOME direktorij. PBS nema opciju određivanja izvođenja posla u trenutnom direktoriju u kojem se nalazimo stoga je potrebno ručno promijeniti direktorij. Poslije zaglavlja potrebno je napisati: cd $PBS_O_WORKDIR Prebacit će izvođenje posla u direktorij u kojem je pokrenuta skripta. |
Spremanje privremenih rezultata
Za spremanje privremenih rezultata koji se generiraju tijekom izvođenja posla ne preporuča se koristiti $HOME direktorij. Time se smanjuje učinkovitost aplikacije i ne iskorištava se brzo spremište (BeeGFS-fast) rezervirano za pohranu privremenih datoteka.
PBS za svaki pojedini posao kreira privremeni direktorij na adresi pohranjenoj u varijabli $TMPDIR (/tmp/<jobID>).
| Warning |
|---|
Privremeni direktorij se briše automatski po završetku izvođenja posla! |
Primjeri korištenja
- Primjer jednostavnog korištenja $TMPDIR varijable:
Code Block #!/bin/bash #PBS -q cpu #PBS -l walltime=00:00:05 cd $TMPDIR pwd > test cp test $PBS_O_WORKDIR - Primjer kopiranja ulaznih podataka u $TMPDIR, pokretanje posla, i kopiranje natrag u radni direktorij
Code Block #!/bin/bash #PBS -q cpu #PBS -l walltime=00:00:05 # Stvaranja direktorija za ulazne podatke u privremenom direktoriju mkdir -p $TMPDIR/data # Kopirati sve potrebne inpute u privremeni direktorij cp -r $HOME/data/* $TMPDIR/data # Pokrenuti aplikaciju i preusmjeriti outpute u "aktualni" (privremeni) direktorij <izvršna naredba aplikacije> 1>output.log 2>error.log # Kopirati sve željene outpute nazad u radni direktorij cp <outputi> $PBS_O_WORKDIR
Paralelni poslovi
OpenMP paralelizacija
...