...

• zaglavlje s osnovnim condaforge kontejnerom (linije 1 i 2)
• %post poglavlje s instalacijskim naredbama (linije 4 do 9)
• %environment poglavlje koje postavlja okoliš za virtualno okruženje MOJKODdata data_stack (linije 11 do 22)
• %runscript poglavlje koje definira izvršnu naredbu python3 (linije 24 do 26)

...

Bootstrap: docker
From: condaforge/miniforge3

%post

  conda create -n data_stack python=3.10 -y
  . /opt/conda/bin/activate
  conda activate data_stack
  pip3 install numpy scipy pandas matplotlib ipython

%environment

  export PS1='(data_stack) Apptainer> '
  export PATH='/opt/conda/envs/data_stack/bin:/opt/conda/condabin:/opt/conda/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/  usr/bin:/sbin:/bin'
  export CONDA_PREFIX='/opt/conda/envs/data_stack'
  export CONDA_SHLVL='1'
  export CONDA_DEFAULT_ENV='data_stack'
  export CONDA_PROMPT_MODIFIER='(data_stack) '
  export CONDA_EXE='/opt/conda/bin/conda'
  export _CE_M=''
  export _CE_CONDA=''
  export CONDA_PYTHON_EXE='/opt/conda/bin/python'

%runscript

  exec python3 $@ 

Izgradnja na Supeku

U slučaju da niste u mogućnosti izgraditi kontejner na svojem osobnom računalu, pružamo mogućnost izgradnje kontejnera na pristupnom poslužitelju login-gpu.hpc.srce.hr

Pri izgradnji, treba pripaziti na sljedeće:

• graditi u direktoriju /scratch, koji nije dio Lustre dijeljenog datotečnog sustava
• prebaciti kreirani image nazad u vaš korisnički direktorij, jer u protivnom neće biti vidljiv izvan pristupnog čvora login-gpu.hpc.srce.hr
• nakon izgradnje obrisati sve kreirane datoteke

Primjer izgradnje osnovnog ubuntu v20.04 imagea:

• spajanje na login-gpu.hpc.srce.hr (linija 1)
• pomicanje u /scratch i stvaranje posebnog direktorija za izgradnju (linije 3 do 5)
• izgradnja kontejnera i njegovo prebacivanje nazad u korisnički direktorij (linije 6 i 7)
• pomicanje u korisnički direktorij i brisanje /scratch direktorija za izgradnju (linija 8 i 9)

[korisnik@kompjuter ~]$ ssh korisnik@login-gpu.hpc.srce.hr
Last login: Wed May 24 09:23:06 2023 from x.x.x.x
[korisnik@x3000c0s27b0n0 ~]$ cd /scratch
[korisnik@x3000c0s27b0n0 scratch]$ mkdir ${USER}-apptainer
[korisnik@x3000c0s27b0n0 scratch]$ cd ${USER}-apptainer
[korisnik@x3000c0s27b0n0 korisnik-apptainer]$ apptainer build ubuntu_20.04.sif docker://ubuntu:20.04
[korisnik@x3000c0s27b0n0 korisnik-apptainer]$ mv ubuntu_20.04.sif ~
[korisnik@x3000c0s27b0n0 korisnik-apptainer]$ cd ~
[korisnik@x3000c0s27b0n0 korisnik-apptainer]$ rm -rf /scratch/${USER}-apptainer

Kako dalje? 

Anchor
reference reference

...