...
| Table of Contents | ||
|---|---|---|
|
Uvod
Za raspoređivanje u i upravljanje poslovima na računalnom klasteru Supek, koristi se PBS Pro (Portable Batch System Professional) koji obavlja raspoređivanje poslova unutar klastera. Njegova primarna zadaća je raspodjela računalnih zadataka, tj. paketnih poslova, među dostupnim računalnim resursima.
...
Za opisivanje poslova koristi se jezik sustava PBS, dok datoteka za opis posla je standardna shell skripta. U zaglavlju svek svake skripte navode se PBS parametri koji detaljno opisuju posao nakon kojih slijede naredbe za izvršavanje željene aplikacije.
...
| a | Mail se šalje kada batch sustav prekine posao |
| b | Mail se šalje kada se posao počne izvršavati |
| e | Mail se šalje kada posao završi |
| j | Mail se šalje za podposlove. Mora se kombinirati s jednom ili više podopcija a, b ili e |
...
| -l select=3:ncpus=2 | Traženje 3 komada(chunk-a) čvora po 2 jezgre (ukupno 6 jezgri) |
| -l select=1:ncpus=10:mem=20GB | Traženje 1 komada(chunka-a) čvora sa 10 jezgri i 20GB radne memorije |
| -l ngpus=2 | Traženje 2 gpu-a |
...
| Tip | ||
|---|---|---|
| ||
Dok je u PBS pro određena putanja za outpu output i error datoteke u direktoriju u kojem se izvode, input i output datoteke samog programa se zadano ščitavajuučitavaju/spremaju u $HOME direktorij. PBS Pro nema opciju određivanja izvođenja posla u trenutnom direktoriju u kojem se nalazimo stoga je potrebno ručno promijeniti direktorij. Poslije zaglavlja potrebno je napisati: cd $PBS_O_WORKDIR Prebacit će izvođenje posla u direktorij u kojem je pokrenuta skripta. |
...
Ukoliko Vaša aplikacija koristi paralelizaciju isključivo na razini OpenMP dretvi (engl. threadovs threads) i ne može se širiti van jednog radnog čvora (odnosno radi s dijeljenom memorijom), posao možete pozvati na način kako je prikazano u primjeru xTB aplikacije niže.
...
Ukoliko Vaša aplikacija koristi paralelizaciju isključivo na razini MPI procesa (engl. threadovs) i može se širiti van jednog radnog čvora (odnosno radi s raspodjeljenom raspodijeljenom memorijom), posao možete pozvati na način kako je prikazano u primjeru Quantum ESPRESSO aplikacije niže.
...
Ukoliko se Vaša aplikacije može paralelizirati hibridno, odnosno dijeliti svoje MPI procese u OpenMP threadove, možete posao pozvati na način kako je prikazano u primjeru GROMACS aplikacije niže:
| Tip |
|---|
OpenMP aplikacije zahtjevaju zahtijevaju definiranje varijable Vrijednost varijable |
...