...
U ovom dokumentu opisano je korištenje PBS Pro 2022.1.1 verzije.
Izvođenje poslova
Korinsičke Korisničke aplikacije(u nastavku poslovi) koji se pokreću pomoću sustava PBS moraju biti opisani startnom shell skritpom(sh, bash, zsh...). Unutar startne skriipte skripte iznad normalnih naredbi, navode se PBS parametri. Te parametre moguće je navesti i prilikom podnošenja posla.
...
Za opisivanje poslova koristi se jezik sustava PBS, dok datoteka za opis posla je standardna shell skripta. U zaglavlju svek skripte navode se PBS parametri koji detaljno opisuju posao nakon kojih slijede naredbe za izvrašavanje izvršavanje željene aplikacije.
Struktura startne skripte:
...
| Ime | Opis |
|---|---|
| PBS_JOBID | Identifikator posla koji daje PBS kada se posao preda. Stvoreno nakon izvršenjanaredbe izvršenja naredbe qsub. |
| PBS_JOBNAME | Naziv posla koji je dao korisnik. Zadani naziv je naziv podnešene skripte. |
| PBS_NODEFILE | Popis radnih čvorova, odnosno procesorskih jezgri na kojima se izvršava posao |
| PBS_O_WORKDIR | Radni direktorij u kojem je podnesen posao, odnosno u kojem je pozvana naredba qsub. |
| OMP_NUM_THREADS | OpenMP varijabla koju PBS izvozi u okolinu, a koja je jednaka vrijednosti opcije select iz zaglavlja PBS skripte |
| NCPUS | Broj zatraženih jezgara. Odgovara vrijednosti iz opcije select iz zaglavlja PBS skripte. |
| TMPDIR | Putanja do scratch direktorija. |
...
Kretanje po datotečnom sustavu
| Naredba | Opis naredbe |
|---|---|
pwd | Prikazuje trenutačnu lokaciju korisnika. Lokacija se prikazuje u obliku apsolutne putanje do trenutačnog direktorija. |
cd | Promjena trenutačnog direktorija (cd - change directory). |
cd - | Povratak u prethodni direktorij. |
Upravljanje direktorijima
| Naredba | Opis naredbe |
|---|---|
mkdir dir1 | Kreira direktorij imena |
mkdir -p /tmp/novi/dir1 | Opcija -p automatski kreira potrebne poddirektorije. |
rm -rf dir1/* | Briše sve datoteke i poddirektorije unutar direktorija dir1, tj. ostavlja direktorij dir1 praznim. |
rm -rf dir1/ | Briše sve datoteke i poddirektorije uključujući i dir1. |
Kopiranje datoteka i direktorija
| Naredba | Opis naredbe |
|---|---|
cp dat1 dat2 | Kopira datoteku dat1 u dat2 (dat1 je nepromijenjena). |
cp dat1 dir/ | Kopira datoteku dat1 u direktorij dir. |
cp -r dir1/* dir2/ | Kopira sve datoteke iz direktorija dir1 u direktorij dir2 bez samog direktorija dir1. |
cp -r dir1/ dir2/ | Kopira sve datoteke i poddirektorije u direktoriju dir u direktorijdir2, uključujući direktorij dir1. |
Premještanje i preimenovanje datoteka i direktorija
| Naredba | Opis naredbe |
|---|---|
mv dat1 dat2 | Preimenuje datoteku dat1 u dat2 |
mv dat1 dir1 | Ako je dir1 ime direktorija, premješta datoteku dat1 u direktorijdir1 |
Promjena zaporke
| Naredba | Opis naredbe |
|---|---|
passwd | Promjena zaporke trenutnog korisnika. Naredba prvo traži upis stare lozinke, a zatim traži da se upiše nova lozinka (dva puta). Napomena: prilikom upisivanja lozinke, iz sigurnosnih razloga, u terminalu se ne ispisuje tekst. |
Automatsko nadopunjavanje i pretraživanje povijesti naredbi
| Naredba | Opis naredbe |
|---|---|
| [Tab] | Brzo nadopunjavanje naredbi. Kad korisnik počne pisati naredbu, npr. passwd, može napisati prvih nekoliko slova (npr. pass) i pritisnuti tipku [Tab]. Ljuska će tada automatski završiti naredbu ili ispisati sve naredbe koje započinju nizom pass. Na isti način se mogu nadopunjavati imena datoteka na disku. |
| [Ctrl] + [r] | Pretraživanje povijesti naredbi. U terminalu, držite pritisnutu tipku [Ctrl] i pritisnete tipku [r]. Počnete pisati slova iz naredbe, i pojavljuju vam se prijašnje naredbe koje sadržavaju slova koja tipkate. Ako želite rotirati kroz sve naredbe koje sadrže utipkana slova, ponovno stisnete [Ctrl] + [r]. |
Naredbe za dohvaćanje uputa
| Naredba | Opis naredbe |
|---|---|
man | Upute za korištenje naredbi sustava. Ako želite vidjeti kako se koristi, npr. naredba ls, za otvaranje man-stranice napisat ćete man ls. |
<naredba> [-h/--help] | Dobar dio aplikacija ima mogućnost dohvaćanja uputa korištenjem parametara -h ili --help (ne vrijedi za sve aplikacije!). |
PBS šalabahter
Podnošenje poslova
| Naredba | Opis naredbe |
|---|---|
qsub | Podnosi posao. |
| Pondošenje posla direktno iz komandne linije bez skripte za podnošenje posla. |
Provjera stanja poslova
| Naredba | Opis naredbe |
|---|---|
qstat | Prikazuje stanje poslova na klasteru(svi korisnici). |
qstat -u <ime_korisnika> | Prikazuje stanje poslova pojedinog korisnika |
qstat <ID_posla> | Prikaz stanja pojedinog posla. |
qstat -a | Alternativni prikaz stanja poslova(svi korisnici) |
qstat -a -u <ime_korisnika> | Alternativni prikaz stanja poslova(pojedini korisnik) |
qstat -a <ime_reda> | Alternativni prikaz poslova(svi poslovi za pojedini red izvođenja) |
qstat -a <ID_posla> | Alternativni prikaz pojedinog posla |
qstat -Q | Prikaz stanja redova čekanja. |
qstat -r | Prikaz svih poslova koji se trenutno izvode |
qstat -s <ID_posla> | Prikaz komentara od strane batch administratora ili schedulera o izvođenju posla |
| qstat -x | Prikaz svih završenih poslova(svi korisnici) |
| qstat -x -u <ime_korisnika> | Prikaz svih zavrsenih poslova(pojedini korisnik) |
Zaustavljanje poslova
| Naredba | Opis naredbe |
|---|---|
qdel <job_id> | Posao se u potpunosti zaustavlja ili miče iz reda čekanja. |
qdel -u <user> | Zaustavljaju se svi poslovi zadanog korisnika. |
qdel -W force <job_id> | Prisilno zaustavljanje za zaglavljene poslove. |