...
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| linenumbers | true |
|---|
|
#!/bin/bash
#PBS -q cpu
#PBS -l select=8:ncpus=4
#PBS -l place=scatter
MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)
cd ${PBS_O_WORKDIR}
mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} --ppn 1 -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth gmx mdrun -v -deffnm md |
Praćenje i upravljanje izvođenja posla
Prikaz stanja posla
Za prikaz stanja poslova koristi se PBS-ova naredba qstat. Osnovna sintaksa naredbe je:
| Code Block |
|---|
|
qstat <opcije> <ID_posla> |
Izvršavanjem naredbe qstat bez dodatnih opcija dobiva se ispis svih trenuthi poslova svih korisnika:
| Code Block |
|---|
|
Job id Name User Time Use S Queue
---------------- ---------------- ---------------- -------- - -----
2663.x3000c0s25b* mpi+omp_s kmrkalj 00:36:09 R cpu |
Neke od korištenijih opcija su:
| -E | Grupira poslove prema poslužitelju i prikazuje poslove poredane prema uzlaznom ID-u. Kada se qstat prikaže s popisom poslova, poslovi su grupirani po poslužitelju i svaka grupa je prikazana uzlaznim ID-om. Ova opcija također poboljšava performanse qstata. |
| -t | Prikazuje informacije o statusu za poslove, nizove poslova i podposlove. |
| -p | Prikaz stupca za Iskorišteno vrijeme zamjenjuje se postotkom obavljenog posla. Za posao niza ovo je postotak završenih podposlova. Za normalan posao, to je postotak iskorištenog dodijeljenog CPU vremena. |
| -x | Prikazuje informacije o statusu za dovršene i premještene poslove uz poslove u čekanju i pokrenute poslove. |
| -Q | Prikazuje status redova u standardnom formatu.
|
| -q | Prikazuje status redova u alternativnom formatu.
|
| -f | Prikazuje status posla u alternativnom formatu
|
Primjeri korištenja:
Detaljan prikaz posla
| Code Block |
|---|
|
qstat -fxw 2648 |
