Page History

...

#!/bin/bash

#PBS -q cpu
#PBS -l select=8:ncpus=4

MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)

cd ${PBS_O_WORKDIR}

mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth gmx mdrun -v -deffnm md

Prilagođena raspodjela MPI procesa

...

Ukoliko sami želite kontrolirati kako će PBS sustav raspodjeliti Vašu aplikaciju na čvorove, odnosno koliko će se MPI procesa nalaziti na svakom čvoru, morate dodatno aktivirati opciju place=scatter u zaglavlju skripte, te koristiti mpiexec opciju --ppn, čiji je argument broj MPI procesa koji želite na svakom čvoru.

...