...
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| title | moj_posao.pbs |
|---|
|
#!/bin/bash
#PBS -P testni_primjer
#PBS -q cpu
#PBS -e /home/moj_direktorij
#PBS -l select=2:ncpus=10
module load gcc/12.1.0
gcc --version |
Osnovni PBS parametri
| -P | ime_projekta | Specificiranje imena projekta |
| -N | ime | Postavljanje imena posla |
| -q | destinacija | Specificiranje reda posla i/ili servera |
| -l | lista_resursa | Traženje resursa potrebnih za izvođenje posla |
| -M | lista_korisnika | Postavljanje liste primatelja mail-a |
| -m | opcije_maila | Postavljanje vrste notifikacije maila |
| -o | putanja/do/željenog/direktorija | Postavljanje imena/putanje u koje se sprema standardni izlaz |
| -e | putanja/do/željenog/direktorija | Postavljanje imena/putanje u koje se sprema standardna greška |
Opcije za slanje obavijesti putem pošte opcijom -m:
| a | Mail se šalje kada batch sustav prekine posao |
| b | Pošta se šalje kada posao počne izvršavati |
| e | Pošta se šalje kada posao završi |
| j | Pošta se šalje za podposlove. Mora se kombinirati s jednom ili više podopcija a, b ili e |
Opcije za traženje resursa opcijom -l
| -l select=3:ncpus=2 | Traženje 3 komada(chunk-a) čvora po 2 jezgre |
| -l select=1:ncpus=10:mem=20GB | Traženje 1 komada(chunka-a) čvora sa 10 jezgri i 20GB radne memorije |
|
|
|
|
PBS varijable okoline
| Ime | Opis |
|---|
| PBS_JOBID | Identifikator posla koji daje PBS kada se posao preda. Stvoreno nakon izvršenjanaredbe qsub.
|
| PBS_JOBNAME | Naziv posla koji je dao korisnik. Zadani naziv je |
|
|
Paralelni poslovi
OpenMP paralelizacija
...
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| linenumbers | true |
|---|
|
#!/bin/bash
#PBS -q cpu
#PBS -l select=8:ncpus=4
MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)
cd ${PBS_O_WORKDIR}
mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth gmx mdrun -v -deffnm md |
Prilagođena raspodjela MPI procesa po radnim čvorovima
Ukoliko sami želite kontrolirati kako će PBS sustav raspodjeliti Vašu aplikaciju na čvorove, odnosno koliko će se MPI procesa nalaziti na svakom čvoru, morate dodatno aktivirati opciju place=scatter u zaglavlju skripte, te koristiti mpiexec opciju --ppn, čiji je argument broj MPI procesa koji želite na svakom čvoru.
...
