...
| Code Block |
|---|
qcat jobID
qcat -e jobID
qtail jobID
qtail -e jobID |
Podnošenje poslova
Postoji nekoliko načina na koji se poslovi mogu podnijeti:
- interaktivnim podnošenjem
- korištenjem skripte
- u interaktivnoj sjednici
- poljima poslova
U slučaju interaktivnog podnošenja, direktnim pozivanjem naredbe qsub će se u terminalu otvoriti uređivač teksta, putem kojeg se podnose naredbe za izvršavanje:
| Code Block |
|---|
|
# pokreni qsub
[korisnik@x3000c0s25b0n0:~] $ qsub
Job script will be read from standard input. Submit with CTRL+D.
echo "Hello world"
14571.x3000c0s25b0n0.hsn.hpc.srce.hr
# ispiši sadržaj direktorija
[korisnik@x3000c0s25b0n0:~] $ ls -l
total 5140716
-rw------- 1 mkvakic hpc 0 Jun 1 07:44 STDIN.e14571
-rw------- 1 mkvakic hpc 12 Jun 1 07:44 STDIN.o14571
# ispiši sadržaj izlazne datoteke
[korisnik@x3000c0s25b0n0:~] $ cat STDIN.o14571
Hello world |
U slučaju podnošenja skriptom, naredbe za izvršavanje možemo zadati u ulaznoj datoteci koju podnosimo:
| Code Block |
|---|
|
# ispiši datoteku hello.sh
[korisnik@x3000c0s25b0n0:~] $ cat hello.sh
#!/bin/bash
#PBS -N hello
echo "Hello world"
# podnošenje skripte posla
[korisnik@x3000c0s25b0n0:~] $ qsub hello.sh
14572.x3000c0s25b0n0.hsn.hpc.srce.hr
# ispis sadržaja direktorija
[korisnik@x3000c0s25b0n0:~] $ ls -l
total 5140721
-rw------- 1 mkvakic hpc 0 Jun 1 07:44 STDIN.e14571
-rw------- 1 mkvakic hpc 12 Jun 1 07:44 STDIN.o14571
-rw------- 1 mkvakic hpc 0 Jun 1 08:02 hello.e14572
-rw------- 1 mkvakic hpc 12 Jun 1 08:02 hello.o14572
-rw-r--r-- 1 mkvakic hpc 46 Jun 1 07:55 hello.sh
# ispis sadržaja datoteke
[korisnik@x3000c0s25b0n0:~] $ cat hello.o14572
Hello world |
U slučaju interaktivne sjednice, korištenjem opcije qsub -I bez ulazne skripte otvorit će se terminal na glavnom radnom čvoru unutar kojeg možemo pokretati komande:
| Code Block |
|---|
|
# hostname na pristupnom poslužitelju
[korisnik@x3000c0s25b0n0:~] $ hostname
x3000c0s25b0n0
# otvaranje interaktivne sjednice
[korisnik@x3000c0s25b0n0:~] $ qsub -I -N hello-interactive
qsub: waiting for job 14574.x3000c0s25b0n0.hsn.hpc.srce.hr to start
qsub: job 14574.x3000c0s25b0n0.hsn.hpc.srce.hr ready
# hostname na glavnom radnom čvoru
[korisnik@x8000c0s3b0n0:~] $ hostname
x8000c0s3b0n0 |
U slučaju polja poslova, korištenjem opcije qsub -J X-Y[:Z] možemo podnijeti zadani broj identičnih poslova u rangu X do Y s korakom Z:
| Code Block |
|---|
|
# podnošenje polja poslova
mkvakic@ login-cpu 08:21 ~ $ qsub -J 1-10:2 hello.sh
14575[].x3000c0s25b0n0.hsn.hpc.srce.hr
# ispis sadržaja datoteke
mkvakic@ login-cpu 08:21 ~ $ ls -l
total 5140744
-rw------- 1 mkvakic hpc 0 Jun 1 07:44 STDIN.e14571
-rw------- 1 mkvakic hpc 12 Jun 1 07:44 STDIN.o14571
-rw------- 1 mkvakic hpc 0 Jun 1 08:02 hello.e14572
-rw------- 1 mkvakic hpc 0 Jun 1 08:21 hello.e14575.1
-rw------- 1 mkvakic hpc 0 Jun 1 08:21 hello.e14575.3
-rw------- 1 mkvakic hpc 0 Jun 1 08:21 hello.e14575.5
-rw------- 1 mkvakic hpc 0 Jun 1 08:21 hello.e14575.7
-rw------- 1 mkvakic hpc 0 Jun 1 08:21 hello.e14575.9
-rw------- 1 mkvakic hpc 12 Jun 1 08:02 hello.o14572
-rw------- 1 mkvakic hpc 12 Jun 1 08:21 hello.o14575.1
-rw------- 1 mkvakic hpc 12 Jun 1 08:21 hello.o14575.3
-rw------- 1 mkvakic hpc 12 Jun 1 08:21 hello.o14575.5
-rw------- 1 mkvakic hpc 12 Jun 1 08:21 hello.o14575.7
-rw------- 1 mkvakic hpc 12 Jun 1 08:21 hello.o14575.9
-rw-r--r-- 1 mkvakic hpc 46 Jun 1 07:55 hello.sh |
| Tip |
|---|
|
Ovaj način poželjan je naspram višetrukog podnošenja (npr. for petljom) jer: - smanjuje opterećenje reda poslova - svaki posao će se istovremeno natjecati za resurse sa svima ostalim u redu, umjesto jedan za drugim
- lakše upravljanje - modifikacija svih poslova moguća je pozivom glavnog (npr.
14575[]) ili pojedinačnog (npr. 14575[3]) identifikatora posla
|
Opis posla
Za opisivanje poslova koristi se jezik sustava PBS, dok datoteka za opis posla je standardna shell skripta. U zaglavlju svake skripte navode se PBS parametri koji detaljno opisuju posao nakon kojih slijede naredbe za izvršavanje željene aplikacije.
...
