...
- interaktivnom izgradnjom korištenjem verzije sandbox
- izgradnjom slike korištenjem definicijske datoteke .def
Nadogradnja kontejnera (lokalno) - shell --writable
| Note | ||
|---|---|---|
| ||
Upute koje koriste Pri izgradnji ili nadogradnji na Supeku i Padobranu koristite opciju fakeroot (npr. za interaktivnu nadogradnju):
|
U prvom slučaju, pri izgradnji kontejnera moramo navesti opciju opciju build --sandbox koja će generirati kontejner u obliku direktorija ubuntu_20.04:
...
| Note | ||
|---|---|---|
| ||
Prethodne upute Naredbe koje koriste Pri izgradnji ili nadogradnji na Supeku koristite opciju fakeroot (npr. za interaktivnu nadogradnju):
|
| Tip | ||
|---|---|---|
| ||
Pri izgradnji ili nadogradnji, apptainer kreira privremene datoteke koje se spajaju u konačni kontejner i koristi stazu
U trenutcima jače korisničke aktivnosti, a pogotovo višestruke izgradnje kontejnera koji mogu imati i do desetak gigabajta, zbog zadanog ponašanja s privremenim datotekama može doći do preopterećenja diskovnog prostora i smanjene funkcionalnosti operativnog sustava za sve korisnike. U svrhu izbjegavanja ovog tipa preopterećenja, preporučeno je postaviti varijablu okoliša |
Primjer Primjer sandbox izgradnje s dodatnim knjižnicama korištenjem Ubuntu v20.04 operativnog sustava:
...
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
# spajanje na pristupni poslužitelj
[korisnik@kompjuter:~] $ ssh mkvakic@login-gpu.hpc.srce.hr
# izgradnja pytorch kontejnera
[korisnik@x3000c0s27b0n0:~] $ apptainer build pytorch_1.13.1.sif docker://pytorch/pytorch:1.13.1-cuda11.6-cudnn8-runtime
# print raznih informacija korištenjem --nv
[korisnik@x3000c0s27b0n0:~] $ apptainer run --nv ./pytorch_1.13.1.sif python -c "import torch; print('Is cuda available?:', torch.cuda.is_available())"
Is cuda available?: True
[korisnik@x3000c0s27b0n0:~] $ apptainer run --nv ./pytorch_1.13.1.sif python -c "import torch; print('Device count:', torch.cuda.device_count())"
Device count: 1
[korisnik@x3000c0s27b0n0:~] $ apptainer run --nv ./pytorch_1.13.1.sif python -c "import torch; print('Current device:', torch.cuda.current_device())"
Current device: 0
[korisnik@x3000c0s27b0n0:~] $ apptainer run --nv ./pytorch_1.13.1.sif python -c "import torch; print('Device name:', torch.cuda.get_device_name(0))"
Device name: NVIDIA A100-PCIE-40GB |
Nadogradnja sandbox kontejnera sa korištenjem --nv opcije moguća je nakon modifikacije sandbox direktorija izvan kontejnera.
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
# izgradnja test.sandbox sandbox slike kontejnera
[korisnik@x3000c0s27b0n0:~] $ apptainer build --sandbox --fix-perms test.sandbox test.def
# modifikacija slike kontejnera
[korisnik@x3000c0s27b0n0:~] $ touch test.sanbox/usr/bin/nvidia-smi
[korisnik@x3000c0s27b0n0:~] $ touch test.sanbox/usr/bin/nvidia-debugdump
[korisnik@x3000c0s27b0n0:~] $ touch test.sanbox/usr/bin/nvidia-persistenced
[korisnik@x3000c0s27b0n0:~] $ touch test.sanbox/usr/bin/nvidia-cuda-mps-control
[korisnik@x3000c0s27b0n0:~] $ touch test.sanbox/usr/bin/nvidia-cuda-mps-server
[korisnik@x3000c0s27b0n0:~] $ mkdir -p test.sandbox/var/run/nvidia-persistenced/
[korisnik@x3000c0s27b0n0:~] $ touch test.sanbox/var/run/nvidia-persistenced/socket
# pokretanje "sandbox" kontainera sa --nv opcijom
[korisnik@x3000c0s27b0n0:~] $ apptainer shell --nv --writable --fakeroot test.sandbox |
NVIDIA NGC kontejneri
| Tip |
|---|
NVIDIA driveri na pristupnom poslužitelju su nadograđeni i usklađeni sa radnim poslužiteljima u siječnju 2024. godine! |
...