Page History

Opis

ANGSD (Analysis of Next Generation Sequencing Data) je bioinformatički alat za analizu NGS podataka (BAM/CRAM).

Aplikacija je otvorenog koda, a može se paralelizirati na razini dretvi/niti (engl. threads).

Službena dokumentacija

• https://www.popgen.dk/angsd/index.php/ANGSD
• https://github.com/ANGSD/angsd

Verzije

Verzija	Modul	Podrška	Paralelizacija	Supek	Padobran
0.940	scientific/angsd/0.940	CPU	Threaded

Primjer korištenja

#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=4:mem=800mb
#PBS -j oe

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/angsd/0.940

angsd -P $NCPUS -b bam.filelist -GL 1 -doMajorMinor 1 -doMaf 2

ZIP datoteku s primjerom možete preuzeti klikom na poveznicu.