Versions Compared

Old Version 29

changes.mady.by.user Ivan Mitrović

Saved on

compared with

New Version 30

changes.mady.by.user Ivan Mitrović

Saved on

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.

...

  1. interaktivnom izgradnjom korištenjem verzije sandbox
  2. izgradnjom slike korištenjem definicijske datoteke .def

Nadogradnja kontejnera (lokalno) - shell --writable

Note
titleIzrada kontejnera

Upute koje koriste sudo pri izgradnji nisu moguće na Supeku i Padobranu jer korisnici nemaju takve ovlasti.

Pri izgradnji ili nadogradnji na Supeku i Padobranu koristite opciju fakeroot (npr. za interaktivnu nadogradnju):

Code Block
[korisnik@x3000c0s27b0n0 ~]$ apptainer shell --writable --fakeroot ...

U prvom slučaju, pri izgradnji kontejnera moramo navesti opciju opciju  build --sandbox koja će generirati kontejner u obliku direktorija ubuntu_20.04:

...

Note
titleIzrada kontejnera

Prethodne upute Naredbe koje koriste sudo pri izgradnji nisu moguće na Supeku i Padobranu jer korisnici nemaju takve ovlasti.

Pri izgradnji ili nadogradnji na Supeku koristite opciju fakeroot (npr. za interaktivnu nadogradnju):

Code Block
[korisnik@x3000c0s27b0n0 ~]$ apptainer shell --writable --fakeroot ...
Tip
titleAPPTAINER_TMPDIR - Staza za privremene datoteke

Pri izgradnji ili nadogradnji, apptainer kreira privremene datoteke koje se spajaju u konačni kontejner i koristi stazu /tmp kao zadani direktorij.

/tmp direktorij na pristupnom poslužitelju je dijelom datotečnog prostora vezanog uz operativni sustav pristupnog poslužitelja i ima ograničen prostor od 178 gigabajta.

U trenutcima jače korisničke aktivnosti, a pogotovo višestruke izgradnje kontejnera koji mogu imati i do desetak gigabajta, zbog zadanog ponašanja s privremenim datotekama može doći do preopterećenja diskovnog prostora i smanjene funkcionalnosti operativnog sustava za sve korisnike.

U svrhu izbjegavanja ovog tipa preopterećenja, preporučeno je postaviti varijablu okoliša APPTAINER_TMPDIR prije izgradnje koja mijenja zadani direktorij i postaviti ga (primjerice) na direktorij unutar /scratch prostora (opisano u primjeru ispod)


Primjer Primjer sandbox izgradnje s dodatnim knjižnicama korištenjem Ubuntu v20.04 operativnog sustava:

...