...
| Tip | ||
|---|---|---|
| ||
Dok je u PBS pro određena putanja za output i error datoteke u direktoriju u kojem se izvode, input i output datoteke samog programa se zadano učitavaju/spremaju u $HOME direktorij. PBS Pro nema opciju određivanja izvođenja posla u trenutnom direktoriju u kojem se nalazimo stoga je potrebno ručno promijeniti direktorij. Poslije zaglavlja potrebno je napisati: cd $PBS_O_WORKDIR Prebacit će izvođenje posla u direktorij u kojem je pokrenuta skripta. |
Dodjeljivanje resursa poslovima
PBS omogućava definiranje potrebnih resursa na nekoliko načina. Glavna jednica za dodjeljivanje resursa je takozvani "Chunk" ili komad čvora. Chunk se definira s opcijom select. Broj procesorskih jezgri po chunk-u moguće je definirati s ncpus, broj mpi procesa s mpiprocs i količinu radne memorije s mem. Također moguće je definirati walltime (maksimalno vrijeme izvođenja posla) i place (način raspoređivanje chunk-ova po čvorovima).
Ako neki od parametara nisu definirani koristiti će se zadane vrijednost:
| Parametar | Zadana (defaultna) vrijednost |
|---|---|
| select | 1 |
| ncpus | 1 |
| mpiprocs | 1 |
| mem | 1800 MB |
| walltime | 168:00:00 |
| place | free |
Kontrola memorije pomoću cgrupa
Osim za kontrolu korištenja procesora, cgrupe postavljene su da kontroliraju i potrošnju memorije. To znači da su poslovi koje korisnik pokreće ograničeni na traženu količinu memorije. Ako posao pokuša iskoristiti više memorije nego je to zatraženo u opisu posla, sustav će prekinuti taj posao i u izlaznu error datoteku zapisati:
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
-bash: line 1: PID Killed /var/spool/pbs/mom_priv/jobs/JOB_ID.SC
Cgroup mem limit exceeded: oom-kill:constraint=CONSTRAINT_MEMCG,nodemask=(null),cpuset=_JOB_ID,mems_allowed=0,oom_memcg=/pbs_jobs.service/jobid/JOB_ID,task_memcg=/pbs_jobs.service/jobid/JOB_ID,task=JOB_ID,pid=PID,uid=UID
|
Kod svakog posla ova poruka bit će malo drugačija, jer sadrži podatke kao što su UID (jedinstvena brojčana oznaka korisnika), PID( brojčana oznaka procesa koji je ubijen), JOB_ID (ID posla koji dodijeljuje PBS).
Dodjeljivanje po traženom chunku
Primjeri:
Korisnik traži dva chunka od kojih se svaki sastoji od 10 procesorskih jezgara i 10GB RAM-a, s time da korisnik nije specificirao na koliko čvorova već će sustav optimizirati dodijelu. U ovom slučaju korisnik će na korištenje dobiti 20 procesorskih jezgara i 20 GB radne memorije.
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
#PBS -l select=2:ncpus=10:mem=10GB |
Korisnik traži 10 chunkova od kojih se svaki sastoji od jedne procesorske jezgre i 1 GB RAM-a, ali s uvjetom na jednom čvoru, pa će korisnik dobiti ukupno 10 procesorskih jezgara i 10 GB RAM-a.
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
#PBS -l select=10:ncpus=1:mem=1GB:place=pack |
U gornjim primjerima poslovi su definirani kroz količinu chunkova, jezgara i memorije, ali sustav dozvoljava da se poslovima dodjeljuju zadani resursi ako oni nisu zatraženi (default resursi):
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
#PBS -l ncpus=4
#PBS -l mem=14GB |
U ovom slučaju korisnik dobiva 4 procesorske jezgre i ukupno 14GB memorije na jednom chunku. Kad se poslovi opisuju bez opcije select, nije moguće "ulančavanje resursa" (odvajanje traženih resursa dvotočkom, potrebno je za svaki resurs staviti u novi red -l opciju)
| Tip | ||
|---|---|---|
| ||
Ako definirate poslove koristeći ncpus bez opcije select, poželjno je definirati i količinu memorije, jer će u suprotnom dostupna radna memorija iznositi 1800 MB. |
Paralelni poslovi
OpenMP paralelizacija
...