...
- hybrid model - izvršavanje korištenjem MPI implementacije u kontejneru
- bind model - izvršavanje korištenjem MPI implementacije izvan kontejnera
Na Supeku je se preporučuje se koristiti bind model, zbog knjižnica koje osiguravaju integraciju sa sustavom za upravljanje PBS i mrežom Slingshot. Pri tom aplikacija koja koristi MPI mora biti ABI kompatibilna (kompajlirana sa MPICH verzija => v3.1) ili kompajlirana sa openMPI 5.x.x verzijom. Isto tako, potrebno je koristiti RHEL-8.6 kompatibilne linux distribucije.
...
U tablici su prikazane putanje slika za izgranju kontejnera i odgovarajući moduli ovisno o MPI implementaciji:
| MPI kontejner | OS kontejner | MPI model | MPI Supek | Polazni kontejner | Bind modul |
|---|---|---|---|---|---|
| mpich-4.1.1 | Rocky-8 | Bind | cray-mpich-8.1.26 | /apps/utils/apptainer-images/rockylinux-8-mpich-4.1.1.sif | utils/apptainer-bind/cray-mpich |
| openMPI-5.0.1 | Rocky-8 | Bind | Openmpi- 5.0.1-gnu-8.5.0 | /apps/utils/apptainer-images/rockylinux-8-openmpi-5.0.1.sif | utils/apptainer-bind/openmpi-5.0.1 |
| openMPI-4.1.2 | Ubuntu-22.04 | Hybrid | OpenMPI 4.x.x | /apps/utils/apptainer-images/ubuntu-22.04-openmpi-4.1.2.sif | X |
Primjer izgradnje kontejnera koristeći MPICH(v4.1.1) :
...