Page History

...

For each job, this message will be slightly different, because it contains information such as UID (Unique Numeric Identification of the User), PID (Numeric Identification of the process that was killed), JOB_ID (Job ID assigned by PBS).

Dodjeljivanje po traženom chunku

Allocation per requested chunk

Examples:
The user requests two chunks, each of which consists of 10 processor cores and 10GB of RAM, with the fact that the user did not specify how many nodes the system will optimize the allocation to. In this case, the user will get 20 processor cores and 20 GB of working memoryPrimjeri:
Korisnik traži dva chunka od kojih se svaki sastoji od 10 procesorskih jezgara i 10GB RAM-a, s time da korisnik nije specificirao na koliko čvorova već će sustav optimizirati dodijelu. U ovom slučaju korisnik će na korištenje dobiti 20 procesorskih jezgara i 20 GB radne memorije.

#PBS -l select=2:ncpus=10:mem=10GB

Korisnik traži 10 chunkova od kojih se svaki sastoji od jedne procesorske jezgre i 1 GB RAM-a, ali s uvjetom na jednom čvoru, pa će korisnik dobiti ukupno 10 procesorskih jezgara i 10 GB RAM-aThe user requests 10 chunks each consisting of one processor core and 1 GB of RAM on one node so the user will get a total of 10 processor cores and 10 GB of RAM.

#PBS -l select=10:ncpus=1:mem=1GB:place=pack

U gornjim primjerima poslovi su definirani kroz količinu chunkova, jezgara i memorije, ali sustav dozvoljava da se poslovima dodjeljuju resursi ako oni nisu zatraženi (default resursiIn the above examples, jobs are defined by the amount of chunks, cores and memory, but the system allows resources to be assigned to jobs if they are not requested (default resources):

#PBS -l ncpus=4
#PBS -l mem=14GB

U ovom slučaju korisnik dobiva 4 procesorske jezgre i ukupno 14GB memorije na jednom chunku. Kad se poslovi opisuju bez opcije select, nije moguće "ulančavanje resursa" (odvajanje traženih resursa dvotočkom, potrebno je za svaki resurs staviti u novi red -l opcijuIn this case, the user gets 4 processor cores and a total of 14GB of memory on one chunk. When jobs are described without the select option, it is not possible to "chain resources" (separate the required resources with a colon, it is necessary to put the -l option on a new line for each resource)

Spremanje privremenih rezultata

Za spremanje privremenih rezultata koji se generiraju tijekom izvođenja može se koristiti $TMPDIR direktorij umjesto $HOME direktorija. Korištenjem $TMPDIR-a iskorištava se brzo spremište (BeeGFS-fast) rezervirano za pohranu privremenih datoteka.

Saving temporary results

A $TMPDIR directory can be used to store temporary results generated at runtime instead of $HOME directory. Using $TMPDIR-a takes advantage of the fast storage (BeeGFS-fast) reserved for storing temporary files.

PBS creates a temporary directory for each individual job at the address stored in the $TMPDIR variable PBS za svaki pojedini posao kreira privremeni direktorij na adresi pohranjenoj u varijabli $TMPDIR (/beegfs-fast/scratch/<jobID>).

Primjeri korištenja

1. Primjer jednostavnog korištenja $TMPDIR varijable:

   Code Block
   #!/bin/bash #PBS -q cpu #PBS -l walltime=00:00:05 cd $TMPDIR pwd > test cp test $PBS_O_WORKDIR

   
   
2. Primjer kopiranja ulaznih podataka u $TMPDIR, pokretanje aplikacije, i kopiranje u radni direktorij:
   

   Code Block

   #!/bin/bash #PBS -q cpu #PBS -l walltime=00:00:05 # Stvaranja direktorija za ulazne podatke u privremenom direktoriju mkdir -p $TMPDIR/data # Kopirati sve potrebne inpute u privremeni direktorij cp -r $HOME/data/* $TMPDIR/data # Pokrenuti aplikaciju i preusmjeriti outpute u "aktualni" (privremeni) direktorij cd $TMPDIR <izvršna naredba aplikacije> 1>output.log 2>error.log # Kopirati željeni output u radni direktorij cp -r /$TMPDIR/output $PBS_O_WORKDIR

...