...
| Tip | ||
|---|---|---|
| ||
Dok je u PBS određena putanja za output i error datoteke u direktoriju u kojem se izvode, input i output datoteke samog programa se zadano učitavaju/spremaju u $HOME direktorij. PBS nema opciju određivanja izvođenja posla u trenutnom direktoriju u kojem se nalazimo stoga je potrebno ručno promijeniti direktorij. Ukoliko Ako se želite prebaciti u direktorij u kojem je pokrenuta skripta, poslije zaglavlja potrebno je napisati: cd $PBS_O_WORKDIR Ukoliko Ako želite pokretati poslove visokog opterećenja spremišta (I/O zahtjevni) izvođenje posla ne preporuča se pokretanje iz $PBS_O_WORKDIR-a već sa $TMPDIR lokacije čime će se iskoristiti brzo spremište. U nastavku pročitajte više o korištenju brzog spremišta i privremenim rezultatima. |
...
PBS omogućava definiranje potrebnih resursa na nekoliko načina. Glavna jednica za dodjeljivanje resursa je takozvani "Chunk" ili komad čvora. Chunk se definira sa sa opcijom s opcijom select. Broj procesorskih procesorskih jezgri jezgri po po chunk-u moguće je definirati sa s ncpus, broj mpi procesa sa s mpiprocs i količinu radne memorije sa s mem. Također moguće je definirati walltime (maksimalno vrijeme izvođenja posla) i place (način raspodjeljivanja raspoređivanje chunk-ova po čvorovima).
Ukoliko Ako neki od parametara nisu definirani koristiti će se defaultne vrijednost:
...
Osim za kontrolu korištenja procesora, cgrupe postavljene su da kontroliraju i potrošnju memorije. To znači da su poslovi koje korisnik pokreće ograničene ograničeni na traženu količinu memorije. Ako posao pokuša iskoristiti više memorije nego je to zatraženo u opisu posla, sustav će ubiti prekinuti taj posao i u izlaznu error datoteku zapisati:
...
Kod svakog posla ova poruka bit će malo drugačija, jer jer sadrži podatke kao što su UID (jedinstvena brojčana oznaka korisnika), PID( brojčana oznaka procesa koji je ubijen), JOB_ID (ID posla koji dodijeljuje PBS).
...
Dodjeljivanje po traženom chunku
PBS omogućava traženje resursa u paketima ( chunkovima) što korisnicima daje veliku slobodu pri opisivanju poslova. Chunk je po definiciji set resursa dodijeljen poslu kao cijelina, definiran unutar select naredbe. Svi dijelovi chunka dolaze na jednom čvoru. Kod MPI poslova tipično dolazi jedan chunk po MPI- procesu.
Primjeri:
Korisnik traži dva chunka od kojih se svaki sastoji od 10 procesorskih jezgara i 10GB RAM-a, s time da korisnik nije specificirao na koliko čvorova već će sustav optimizirati dodijelu. U ovom slučaju korisnik će na korištenje dobiti 20 procesorskih jezgara i 20 GB radne memorije (moguće po 10 na dva čvora)
...
Korisnik traži 10 chunkova od kojih se svaki sastoji od jedne procesorske jezgre i 1 GB RAM-a, ali uvjetovano s uvjetom na jednom čvoru, pa će korisnik dobiti ukupno 10 procesorskih jezgara i 10 GB RAM-a.
...
U gornjim primjerima poslovi su definirani kroz količinu chunkova, jezgara i memorije, ali sustav dozvoljava da se poslovima dodijeljuju dodjeljuju resursi ako oni nisu zatraženi (default resursi):
...
U ovom slučaju korisnik dobiva 4 procesorske jezgre i ukupno 14GB memorije na jednom chunku.
| Tip | ||
|---|---|---|
| ||
Ukoliko Ako definirate poslove koristeći ncpus bez opcije select, poželjno je definirati i količinu memorije, jer će u suprotnom dostupna radna memorija iznositi 3500 MB (select x mem → 1 x 3500 MB). |
...
Paralelni poslovi
OpenMP paralelizacija
Ukoliko Ako Vaša aplikacija koristi paralelizaciju isključivo na razini OpenMP dretvi (engl. threads) i ne može se širiti van jednog radnog čvora (odnosno radi s dijeljenom memorijom), posao možete pozvati na način kako je prikazano u primjeru xTB aplikacije niže.
| Tip |
|---|
OpenMP aplikacije zahtjevaju definiranje varijable PBS sustav vodi računa o tome umjesto Vas, te joj pridružuje vrijednost varijable Ukoliko Ako definirate poslove koristeći ncpus bez opcije select, poželjno je definirati i količinu memorije, jer će u suprotnom dostupna radna memorija iznositi 3500 MB (select x mem → 1 x 3500 MB). |
...
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
#!/bin/bash
#PBS -q cpu
#PBS -l walltime=10:00:00
#PBS -l ncpus=8:mem=28GB
cd ${PBS_O_WORKDIR}
xtb C2H4BrCl.xyz --chrg 0 --uhf 0 --opt vtight |
MPI paralelizacija
Ukoliko Ako Vaša aplikacija koristi paralelizaciju isključivo na razini MPI procesa i može se širiti van jednog radnog čvora (odnosno radi s raspodijeljenom memorijom), posao možete pozvati na način kako je prikazano u primjeru Quantum ESPRESSO aplikacije niže. Za izvođenje aplikacija koje koriste paralelizaciju MPI (ili hibridno MPI+OMP) potrebno je učitati mpi modul prije pozivanja naredbe mpiexec ili mpirun.
...
MPI + OpenMP (hibridna) paralelizacija
Ukoliko Ako se Vaša aplikacije može paralelizirati hibridno, odnosno dijeliti svoje MPI procese u OpenMP threadove, možete posao pozvati na način kako je prikazano u primjeru GROMACS aplikacije niže:
...