...
| Tip | ||
|---|---|---|
| ||
Dok je u PBS određena putanja za output i error datoteke u direktoriju u kojem se izvode, input i output datoteke samog programa se zadano učitavaju/spremaju u $HOME direktorij. PBS nema opciju određivanja izvođenja posla u trenutnom direktoriju u kojem se nalazimo stoga je potrebno ručno promijeniti direktorij. Ukoliko se želite prebaciti u direktorij u kojem je pokrenuta skripta, poslije zaglavlja potrebno je napisati: cd $PBS_O_WORKDIR Ne preporučujemo izvođenje posla Ukoliko želite pokretati poslove visokog opterećenja spremišta (I/O zahtjevni) izvođenje posla ne preporuča se pokretanje iz $PBS_O_WORKDIR-a već sa $TMPDIR lokacije čime će se iskoristiti brzo spremište. U nastavku pročitajte više o korištenju brzog spremišta i privremenim rezultatima.i privremenim rezultatima. |
Dodjeljivanje resursa poslovima
PBS omogućava definiranje potrebnih resursa na nekoliko načina. Glavna jednica za dodjeljivanje resursa je takozvani "Chunk" ili komad čvora. Chunk se definira sa sa opcijom select. Broj procesorskih jezgri jezgri po chunk-u moguće je definirati sa ncpus, broj mpi procesa sa mpiprocs i količinu radne memorije sa mem. Također moguće je definirati walltime (maksimalno vrijeme izvođenja posla) i place (način raspodjeljivanja chunk-ova po čvorovima).
Ukoliko neki od parametara nisu definirani koristiti će se defaultne vrijednost:
| Parametar | Defaultna vrijednost |
|---|---|
| select | 1 |
| ncpus | 1 |
| mpiprocs | 1 |
| mem | 3500 MB |
| walltime | 4320:00:00 |
| place | pack |
Spremanje privremenih rezultata
Za spremanje privremenih rezultata koji se generiraju tijekom izvođenja posla ne preporuča može se koristiti $TMPDIR direktorij umjesto $HOME direktorij. Time se smanjuje učinkovitost aplikacije i ne direktorija. Korištenjem $TMPDIR-a iskorištava se brzo spremište (BeeGFS-fast) rezervirano za pohranu privremenih datoteka.
...
| Tip |
|---|
OpenMP aplikacije zahtjevaju definiranje varijable PBS sustav vodi računa o tome umjesto Vas, te joj pridružuje vrijednost varijable Ukoliko deefinirate poslove koristeći ncpus bez opcije select, poželjno je definirati i količinu memorije, jer će u suprotnom dostupna radna memorija iznositi 3500 MB (select x mem → 1 x 3500 MB). |
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
#!/bin/bash
#PBS -q cpu
#PBS -l walltime=10:00:00
#PBS -l ncpus=8:mem=28GB
cd ${PBS_O_WORKDIR}
xtb C2H4BrCl.xyz --chrg 0 --uhf 0 --opt vtight |
...
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
#!/bin/bash
#PBS -q cpu
#PBS -l walltime=10:00:00
#PBS -l select=8:ncpus=4:mem=14GB
module load mpi/openmpi-x86_64
cd ${PBS_O_WORKDIR}
mpiexec -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth gmx mdrun -v -deffnm md |
...