Page History

GPU-ovi su dostupni samo na GPU pristupnom i radnim poslužiteljima, a njihovo korištenje je ograničeno na gpu i gpu-testredove poslova. Više o redovima poslova na pročitajte na stranici Redovi poslova.

qcat jobID
qcat -e jobID
qtail jobID
qtail -e jobID

Ovaj način poželjan je naspram višetrukog podnošenja (npr. for petljom) jer:

• smanjuje opterećenje reda poslova - svaki posao će se istovremeno natjecati za resurse sa svima ostalim u redu, umjesto jedan za drugim
• lakše upravljanje - modifikacija svih poslova moguća je pozivom glavnog (npr. 14575[]) ili pojedinačnog (npr. 14575[3]) identifikatora posla

Varijable okoliša koje PBS definira pri njihovom izvršavanju su:

• PBS_ARRAY_INDEX - redni broj podposla u polju poslova (npr. jedan do devet u primjeru gore)
• PBS_ARRAY_ID - identifikator glavnog polja poslova
• PBS_JOBID - identifikator podposla u polju poslova

#!/bin/bash

#PBS -P testni_primjer
#PBS -q cpu
#PBS -e /home/moj_direktorij
#PBS -l select=2:ncpus=10

module load gcc/12.1.0

gcc --version

Dok je u PBS pro određena putanja za output i error datoteke u direktoriju u kojem se izvode, input i output datoteke samog programa se zadano učitavaju/spremaju u $HOME direktorij.  PBS Pro nema opciju određivanja izvođenja posla u trenutnom direktoriju u kojem se nalazimo stoga je potrebno ručno promijeniti direktorij.

Poslije zaglavlja potrebno je napisati:

cd $PBS_O_WORKDIR

Prebacit će izvođenje posla u direktorij u kojem je pokrenuta skripta.

#!/bin/bash

#PBS -q cpu
#PBS -l ncpus=8

cd ${PBS_O_WORKDIR}

xtb C2H4BrCl.xyz --chrg 0 --uhf 0 --opt vtight

#!/bin/bash

#PBS -q cpu
#PBS -l select=16

cd ${PBS_O_WORKDIR}

mpiexec pw.x -i calcite.in

#!/bin/bash

#PBS -q cpu
#PBS -l select=8:ncpus=4

cd ${PBS_O_WORKDIR}

mpiexec -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth gmx mdrun -v -deffnm md

Znanstvene aplikacije koje su dostupne na Supeku putem modulefiles alata u sebi već pozivaju ovaj modul, stoga ga nije potrebno opet podizati.

$ tracejob 2670

Job: 2670.x3000c0s25b0n0.hsn.hpc.srce.hr

03/30/2023 11:23:24  L    Considering job to run
03/30/2023 11:23:24  S    Job Queued at request of mhrzenja@x3000c0s25b0n0.hsn.hpc.srce.hr, owner =
                          mhrzenja@x3000c0s25b0n0.hsn.hpc.srce.hr, job name = mapping, queue = cpu
03/30/2023 11:23:24  S    Job Run at request of Scheduler@x3000c0s25b0n0.hsn.hpc.srce.hr on exec_vnode
                          (x8000c0s0b0n0:ncpus=40:mem=104857600kb)
03/30/2023 11:23:24  L    Job run
03/30/2023 11:23:24  S    enqueuing into cpu, state Q hop 1
03/30/2023 11:23:56  S    Holds u set at request of mhrzenja@x3000c0s25b0n0.hsn.hpc.srce.hr
03/30/2023 11:24:22  S    Holds u released at request of mhrzenja@x3000c0s25b0n0.hsn.hpc.srce.hr

qdel -W force -x <ID_posla>

Posao s direktivom -W depend=... neće biti podnesen ako navedeni ID-ovi poslova ne postoje (iliti, ako nisu u redu čekanja)