...
Međutim, za razliku od virtualnih strojeva koji sadrže cijele operacijske sustave i sve ovisnosti koje im trebaju za izvršavanje zadanih operacija (te su zbog toga zahtjevne za resurse), kontejeri s hostom dijele kernel, te u sebi sadržavaju samo aplikacije, njihove ovisnosti i potrebne biblioteke knjižnice (eng. library).
Slika 1: Hipervizor sjedi na fizičkom stroju i omogućuje kreiranje virtualnih strojeva. Svaki virtualni stroj ima svoj operacijski sustav, i zauzima određene resurse potrebne za pokretanje odvojenih OS-a. S druge strane, kontejneri su povezani s operacijskim sustavom fizičkog računala te dijele dijeleći njegov kernel i odvojene su samo aplikacije i njihove ovisnosti. Zbog toga kontejneri troše značajno manje resursa od virtualnih strojeva.
...
Mobilnost računanja omogućuje da se workflow definira u kontejneru te za koji korisnik može biti siguran da će se on moći izvršavati na različitim strojevima, neovisno o operacijskom sustavu (dok god je Linux! Singularity se oslanja na Linux kernel te ne radi na drugim operacijskim sustavima.) i infrastrukturi. Mobilnost je osigurana time što se Singularity Apptainer kontejneri spremaju u slike (eng. image) koje su jedna datoteka koja obuhvaća sve datoteke u kontejneru. Slike se mogu izgraditi kao read-only datoteke (tako se grade po defaultu) te je tako osigurana i reproducibilnostzadano ponašanje) čime se osigurava dosljednost u ponovnom korištenju.
Korisnička sloboda se odnosi na mogućnost korisnika da unutar kontejnera instaliraju aplikacije s njima poželjnim verzijama i bibliotekamaknjižnicama, neovisno o stanju na poslužitelju na kojem će taj kontejner kasnije pokretati. Dopremanjem kontejnera na bilo koji resurs, korisnici mogu koristiti aplikacije koje god žele.
...
- image - temeljen na SquashFSu, kontejneri u ovom formatu su read-only
- sandbox - u formi direktorija, kontejneri u ovom formatu su pogodni za interaktivnu modifikaciju kontejnera opcijom
--writable
...
Izgradnja kontejnera iz Apptainer recepta preporuča se preporuča, budući da je tako osigurana reproducibilnost (jer tako osigurava dosljednost u ponovnom korištenju (svi koraci izgradnje kontejnera su sadržani u Apptainer receptu koji je vidljiv u kontejneru).
...
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
# izgradnja imagea korištenjem naredbe build [korisnik@kompjuter:~] $ apptainer build apptainer.sif apptainer.def ... INFO: Creating SIF file... INFO: Build complete: apptainer.sif # ispis detalja datoteke [korisnik@kompjuter:~] $ ls -l apptainer.sif -rwxr-xr-x 1 marko marko 83701760 svi 25 10:41 apptainer.sif |
Korištenje javnih repozitorija
Proces izgradnje i nadogradnje kontejnera može se ubrzati korištenjem javnih repozitorija koji sadrže već testirane recepte (što je uostalom i svrha kontejnera
...
Kada jednom imamo gotov kontejner, postoji nekoliko naredbi za interagiranje s njim:
shell
- pokretanje korisničke ljuskeexec
- pokretanje naredberun
- pokretanje zadane naredbe
), koji se mogu koristiti u receptima i pri izgradnji sandbox kontejnera.
Neki od poznatijih repozitorija su:
- hub.docker.com - najpoznatija meka za kontejnere i obično prvi rezultat Google upita
- condaforge - kontejneri s već pripremljenim upraviteljima paketa conda
- Nvidia NGC - posvećeno svim aplikacijama koje koriste CUDU
- biocontainers.pro - posvećeno bioinformatici
Izgradnja na Supeku
U slučaju da niste u mogućnosti izgraditi kontejner na svojem osobnom računalu, pružamo mogućnost izgradnje kontejnera na pristupnom poslužitelju login-gpu.hpc.srce.hr
Pri izgradnji, treba pripaziti na sljedeće:
- graditi u direktoriju
/scratch
, koji nije dio Lustre dijeljenog datotečnog sustava - prebaciti kreirani image nazad u vaš korisnički direktorij, jer u protivnom neće biti vidljiv izvan pristupnog čvora
login-gpu.hpc.srce.hr
- nakon izgradnje obrisati sve kreirane datoteke
- pri sandbox izgradnji koristiti opciju fakeroot (jer korisnici nemaju sudo ovlasti)
Primjer sandbox izgradnje s dodatnim knjižnicama korištenjem Ubuntu v20.04 operativnog sustava:
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
# login na pristupni poslužitelj gpu
[korisnik@kompjuter ~]$ ssh korisnik@login-gpu.hpc.srce.hr
Last login: Wed May 24 09:23:06 2023 from x.x.x.x
# pomicanje u /scratch i kreiranje direktorija za izgradnju
[korisnik@x3000c0s27b0n0 ~]$ cd /scratch
[korisnik@x3000c0s27b0n0 scratch]$ mkdir ${USER}-apptainer
[korisnik@x3000c0s27b0n0 scratch]$ cd ${USER}-apptainer
# izgradnja sandbox verzije
[korisnik@x3000c0s27b0n0 korisnik-apptainer]$ apptainer build ubuntu_20.04_sandbox docker://ubuntu:20.04
[korisnik@x3000c0s27b0n0 korisnik-apptainer]$ apptainer shell --writable --fakeroot ubuntu_20.04_sandbox
Apptainer> ...
Apptainer> ... dodatne komande za izgradnju kontejnera ...
Apptainer> ...
Apptainer> exit
# mijenjanje sanboxa u image, prebacivanje u korisnički i
[korisnik@x3000c0s27b0n0 korisnik-apptainer]$ apptainer build ubuntu_20.04.sif ubuntu_20.04_sandbox
[korisnik@x3000c0s27b0n0 korisnik-apptainer]$ mv ubuntu_20.04.sif ~
[korisnik@x3000c0s27b0n0 korisnik-apptainer]$ cd ~
# brisanje direktorija za izgradnju
[korisnik@x3000c0s27b0n0 korisnik-apptainer]$ rm -rf /scratch/${USER}-apptainer |
Korištenje kontejnera
Kada jednom imamo gotov kontejner, postoji nekoliko naredbi za interagiranje s njim:
shell
- pokretanje korisničke ljuskeexec
- pokretanje naredberun
- pokretanje zadane naredbe
Naredbom shell
pokreće se ljuska unutar kontejnera, te se interagira s kontejnerom kao da je pokrenuta ljuska na malom virtualnom stroju.
Naredbom shell
pokreće se ljuska unutar kontejnera, te se interagira s kontejnerom kao da je pokrenuta ljuska na malom virtualnom stroju.
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
# otvaranje ljuske
[korisnik@kompjuter:~] $ singularity shell apptainer.sif
...
# izvršavanje komande unutar kontejnera
Apptainer> date | cowsay
_______________________________
< Thu May 25 10:59:05 CEST 2023 >
-------------------------------
\ ^__^
\ (oo)\_______
(__)\ )\/\
||----w |
|| ||
# izlaženje iz ljuske u kontejneru
Apptainer> exit
# izvršavanje iste komande izvan kontejnera
[korisnik@kompjuter:~] $ date | cowsay
bash: cowsay: command not found |
Naredbom exec
izvršava se naredba unutar kontejnera:
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
# izvršavanje naredbe cowsay unutar kontejneraotvaranje ljuske [korisnik@kompjuter:~] $ datesingularity |shell singularity exec apptainer.sif cowsay ... # <izvršavanje čet, 25.05.2023. 11:05:46 CEST > -- \ ^__^ \ (oo)\komande unutar kontejnera Apptainer> date | cowsay __________ (__)\ )\/\ ||----w |_____________________ < Thu May 25 10:59:05 CEST 2023 > ------------------------------- \ ^__^ \ (oo)\_______ || || |
Naredbom run
pokreće se kontejner pozivanjem runscripte definirane u Singularity receptu.
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
# izvršavanje komandom run [korisnik@kompjuter:~] $ singularity run apptainer.sif ... < čet, 25.05.2023. 11:05:46 CEST > -- (__)\ )\/\ ||----w | \ ^__^ \ (oo)\_______ || || # izlaženje iz ljuske u kontejneru Apptainer> exit # izvršavanje iste komande izvan kontejnera [korisnik@kompjuter:~] $ date | cowsay bash: cowsay: command not found |
Naredbom exec
izvršava se naredba unutar kontejnera:
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
# izvršavanje naredbe cowsay unutar kontejnera [korisnik@kompjuter:~] $ date | singularity exec apptainer.sif cowsay ... < čet, 25.05.2023. 11:05:46 CEST > -- \ (__)\ )\/\ ||----w | || || # direktno izvršavanje [korisnik@kompjuter:~] $ ./apptainer.sif ... < čet, 25.05.2023. 11:06:05 CEST > -- \ ^__^ \ (oo)\_______ (__)\ )\/\ ||----w | || || |
Podnošenje kontejnera kao poslova na Supeku
U slučaju da se koristi Apptainer kontejner na Supeku, podnošenje poslova je jednako kao i u slučaju aplikacija koje su instalirane direktno na klasteru.
Na primjer, ako želimo pokrenuti kontejner apptainer.sif
nakon što ga dopremimo na Supek, minimalna skripta PBS apptainer-test.sh
bit će:
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
#!/bin/bash
#PBS -N apptainer-test
apptainer run apptainer.sif |
Koju možemo podnijeti na sljedeći način i provjeriti njen izlaz nakon malo vremena:
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
# podnošenje skripte apptainer-test.sh
[korisnik@x3000c0s25b0n0:~] $ qsub apptainer-test.sh
# nakon par sekundi provjerimo sadržaj direktorija
[korisnik@x3000c0s25b0n0:~] $ ls -l apptainer-test*
-rw------- 1 mkvakic hpc 75 May 25 11:31 apptainer-test.e10537
-rw------- 1 mkvakic hpc 229 May 25 11:31 apptainer-test.o10537
-rw-r--r-- 1 mkvakic hpc 63 May 25 11:31 apptainer-test.sh
# ispišemo sadržaj standardnog izlaza
[korisnik@x3000c0s25b0n0:~] $ cat apptainer-test.o10537
_________________________________
< Thu May 25 09:31:17 Europe 2023 >
---------------------------------
\ ^__^
\ (oo)\_______
(__)\ )\/\
||----w |
|| || |
Podnošenje MPI aplikacija unutar kontejnera
Apptainer podržava paralelizaciju i širenje na više čvorova korištenjem MPI standarda na dva načina:
- hybrid model - izvršavanje korištenjem MPI implementacije u kontejneru
- bind model - izvršavanje korištenjem MPI implementacije izvan kontejnera
Pri tom aplikacija koja koristi MPI mora biti ABI kompatibilna (MPICH verzija v3.1 nadalje). Način na koji se to inače postiže je dopremanjem knjižnice libmpi.so.12
putem varijable okoliša LD_LIBRARY_PATH
prije poziva aplikacije:
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
# postavljanje LD_LIBRARY_PATH
[korisnik@kompjuter] $ export LD_LIBRARY_PATH=/putanja/do/libmpi.so.12:$LD_LIBRARY_PATH
# izvršavanje aplikacijom mpiexec
[korisnik@kompjuter] $ mpiexec -np 10 ./moja_ABI_kompatibilna_MPI_aplikacija |
U slučaju kontejnera, varijable okoliša se uglavnom nasljeđuju od računala s kojeg se pokreće, no u ovom slučaju potrebno je dodatno namjestiti okolinu što se može učiniti na dva načina:
- korištenjem
--env
ili--env-file
opcije pri pokretanju kontejnera - namještanjem
APPTAINERENV_*
varijable okoliša prije pozivanja kontejnera
Na Supeku je potrebno je koristiti bind model, zbog knjižnica koje osiguravaju integraciju sa sustavom za upravljanje PBS i mrežom Slingshot. Moduli koji osiguravaju spajanje definicijom varijabli okoliša CRAY_LD_LIBRARY_PATH
i LD_LIBRARY_PATH
su:
-
cray-pals
- integracija s PBS-om cray-mpich-abi
- dostavljanje ABI kompatibilnih knjižnicacray-pmi
- knjižnica za spajanje s Crayevim sučeljem za pokretanje paralelnih programalibfabric
- mrežni API za spajanje na Slinghot
Dodatno, pri pozivu se moraju spojiti odgovarajući direktoriji u kontejner:
/opt
- putanja za knjižnice Cray/run
- putanja za PBS/usr/lib64
- putanja za sistemske knjižnice
Pri podnošenju posla na Crayu, to se može učiniti na sljedeći način (primjerice, u skripti PBS mpi-test.sh
) :
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
#!/bin/bash
#PBS -N mpi-test
#PBS -l select=2:ncpus=1
#PBS -l place=scatter
# dopremanje modula
module load PrgEnv-gnu
module load cray-mpich-abi
module load cray-pals
module load cray-pmi
module load libfabric
# namještanje okolišne varijable LD_LIBRARY_PATH u kontejneru:
#
# 1) CRAY_LD_LIBRARY_PATH - Cray knjižnice iz /opt
# 2) LD_LIBRARY_PATH - sistemske knjižnice iz /usr/lib64
# 3) \$LD_LIBRARY_PATH - očuvanje varijable ako već postoji u kontejneru
# 4) /opt/cray/pe/pals/1.2.3/lib - putanja za PALS servis
#
APPTAINERENV_LD_LIBRARY_PATH="${CRAY_LD_LIBRARY_PATH}:${LD_LIBRARY_PATH}:\$LD_LIBRARY_PATH:/opt/cray/pe/pals/1.2.3/lib"
# izvršavanje kontejnera mpi-test.sif s aplikacijom mpiexec modula cray-pals
mpiexec \
singularity exec \
--bind /opt \
--bind /run \
--bind /usr/lib64 \
mpi4py-install.sif \
/myapp/mpi-test |
Gdje je su recept za izgradnju kontejnera mpi-test.sif
i aplikacija mpi-test.c
:
Code Block | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
Bootstrap: docker
From: rockylinux:8
%files
mpi-test.c /myapp/
%environment
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/mpich/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=/usr/lib64/mpich/bin:$PATH
%post
# osvježi i instaliraj knjižnice za kompilaciju
dnf update -y
dnf install mpich-devel -y
# namjesti okolinu za razvoj MPICHom
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/mpich/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=/usr/lib64/mpich/bin:$PATH
# prevedi aplikaciju u izvršnu datoteku
mpicc -o /myapp/mpi-test /myapp/mpi-test.c |
Code Block | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
// Author: Wes Kendall
// Copyright 2011 www.mpitutorial.com
// This code is provided freely with the tutorials on mpitutorial.com. Feel
// free to modify it for your own use. Any distribution of the code must
// either provide a link to www.mpitutorial.com or keep this header intact.
//
// An intro MPI hello world program that uses MPI_Init, MPI_Comm_size,
// MPI_Comm_rank, MPI_Finalize, and MPI_Get_processor_name.
//
#include <mpi.h>
#include <stdio.h>
int main(int argc, char** argv) {
// Initialize the MPI environment. The two arguments to MPI Init are not
// currently used by MPI implementations, but are there in case future
// implementations might need the arguments.
MPI_Init(NULL, NULL);
// Get the number of processes
int world_size;
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &world_size);
// Get the rank of the process
int world_rank;
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &world_rank);
// Get the name of the processor
char processor_name[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME];
int name_len;
MPI_Get_processor_name(processor_name, &name_len);
// Print off a hello world message
printf("Hello world from processor %s, rank %d out of %d processors\n",
processor_name, world_rank, world_size);
// Finalize the MPI environment. No more MPI calls can be made after this
MPI_Finalize();
} |
Naredbom run
pokreće se kontejner pozivanjem runscripte definirane u Apptainer receptu.
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
# izvršavanje komandom run
[korisnik@kompjuter:~] $ singularity run apptainer.sif
...
< čet, 25.05.2023. 11:05:46 CEST >
--
\ ^__^
\ (oo)\_______
(__)\ )\/\
||----w |
|| ||
# direktno izvršavanje
[korisnik@kompjuter:~] $ ./apptainer.sif
...
< čet, 25.05.2023. 11:06:05 CEST >
--
\ ^__^
\ (oo)\_______
(__)\ )\/\
||----w |
|| || |
Podnošenje kontejnera na Supeku
U slučaju da se koristi Apptainer kontejner na Supeku, podnošenje poslova je jednako kao i u slučaju aplikacija koje su instalirane direktno na klasteru.
Na primjer, ako želimo pokrenuti kontejner apptainer.sif
nakon što ga dopremimo na Supek, minimalna skripta PBS apptainer-test.sh
bit će:
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
#!/bin/bash
#PBS -N apptainer-test
apptainer run apptainer.sif |
Koju možemo podnijeti na sljedeći način i provjeriti njen izlaz nakon malo vremena:
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
# podnošenje skripte apptainer-test.sh
[korisnik@x3000c0s25b0n0:~] $ qsub apptainer-test.sh
# nakon par sekundi provjerimo sadržaj direktorija
[korisnik@x3000c0s25b0n0:~] $ ls -l apptainer-test*
-rw------- 1 mkvakic hpc 75 May 25 11:31 apptainer-test.e10537
-rw------- 1 mkvakic hpc 229 May 25 11:31 apptainer-test.o10537
-rw-r--r-- 1 mkvakic hpc 63 May 25 11:31 apptainer-test.sh
# ispišemo sadržaj standardnog izlaza
[korisnik@x3000c0s25b0n0:~] $ cat apptainer-test.o10537
_________________________________
< Thu May 25 09:31:17 Europe 2023 >
---------------------------------
\ ^__^
\ (oo)\_______
(__)\ )\/\
||----w |
|| || |
MPI aplikacije u kontejneru
Apptainer podržava paralelizaciju i širenje na više čvorova korištenjem MPI standarda na dva načina:
- hybrid model - izvršavanje korištenjem MPI implementacije u kontejneru
- bind model - izvršavanje korištenjem MPI implementacije izvan kontejnera
Pri tom aplikacija koja koristi MPI mora biti ABI kompatibilna (MPICH verzija v3.1 nadalje). Način na koji se to inače postiže je dopremanjem knjižnice libmpi.so.12
putem varijable okoliša LD_LIBRARY_PATH
prije poziva aplikacije:
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
# postavljanje LD_LIBRARY_PATH
[korisnik@kompjuter] $ export LD_LIBRARY_PATH=/putanja/do/libmpi.so.12:$LD_LIBRARY_PATH
# izvršavanje aplikacijom mpiexec
[korisnik@kompjuter] $ mpiexec -np 10 ./moja_ABI_kompatibilna_MPI_aplikacija |
U slučaju kontejnera, varijable okoliša se uglavnom nasljeđuju od računala s kojeg se pokreće, no u ovom slučaju potrebno je dodatno namjestiti okolinu što se može učiniti na dva načina:
- korištenjem
--env
ili--env-file
opcije pri pokretanju kontejnera - namještanjem
APPTAINERENV_*
varijable okoliša prije pozivanja kontejnera
Na Supeku je potrebno je koristiti bind model, zbog knjižnica koje osiguravaju integraciju sa sustavom za upravljanje PBS i mrežom Slingshot. Moduli koji osiguravaju spajanje definicijom varijabli okoliša CRAY_LD_LIBRARY_PATH
i LD_LIBRARY_PATH
su:
-
cray-pals
- integracija s PBS-om cray-mpich-abi
- dostavljanje ABI kompatibilnih knjižnicacray-pmi
- knjižnica za spajanje s Crayevim sučeljem za pokretanje paralelnih programalibfabric
- mrežni API za spajanje na Slinghot
Dodatno, pri pozivu se moraju spojiti odgovarajući direktoriji u kontejner:
/opt
- putanja za knjižnice Cray/run
- putanja za PBS/usr/lib64
- putanja za sistemske knjižnice
Pri podnošenju posla na Crayu, to se može učiniti na sljedeći način (primjerice, u skripti PBS mpi-test.sh
) :
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
#!/bin/bash
#PBS -N mpi-test
#PBS -l select=2:ncpus=1
#PBS -l place=scatter
# dopremanje modula
module load PrgEnv-gnu
module load cray-mpich-abi
module load cray-pals
module load cray-pmi
module load libfabric
# namještanje okolišne varijable LD_LIBRARY_PATH u kontejneru:
#
# 1) CRAY_LD_LIBRARY_PATH - Cray knjižnice iz /opt
# 2) LD_LIBRARY_PATH - sistemske knjižnice iz /usr/lib64
# 3) \$LD_LIBRARY_PATH - očuvanje varijable ako već postoji u kontejneru
# 4) /opt/cray/pe/pals/1.2.3/lib - putanja za PALS servis
#
APPTAINERENV_LD_LIBRARY_PATH="${CRAY_LD_LIBRARY_PATH}:${LD_LIBRARY_PATH}:\$LD_LIBRARY_PATH:/opt/cray/pe/pals/1.2.3/lib"
# izvršavanje kontejnera mpi-test.sif s aplikacijom mpiexec modula cray-pals
mpiexec \
singularity exec \
--bind /opt \
--bind /run \
--bind /usr/lib64 \
mpi4py-install.sif \
/myapp/mpi-test |
Gdje je su recept za izgradnju kontejnera mpi-test.sif
i aplikacija mpi-test.c
:
Code Block | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
Bootstrap: docker
From: rockylinux:8
%files
mpi-test.c /myapp/
%environment
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/mpich/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=/usr/lib64/mpich/bin:$PATH
%post
# osvježi i instaliraj knjižnice za kompilaciju
dnf update -y
dnf install mpich-devel -y
# namjesti okolinu za razvoj MPICHom
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/mpich/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=/usr/lib64/mpich/bin:$PATH
# prevedi aplikaciju u izvršnu datoteku
mpicc -o /myapp/mpi-test /myapp/mpi-test.c |
Code Block | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
// Author: Wes Kendall
// Copyright 2011 www.mpitutorial.com
// This code is provided freely with the tutorials on mpitutorial.com. Feel
// free to modify it for your own use. Any distribution of the code must
// either provide a link to www.mpitutorial.com or keep this header intact.
//
// An intro MPI hello world program that uses MPI_Init, MPI_Comm_size,
// MPI_Comm_rank, MPI_Finalize, and MPI_Get_processor_name.
//
#include <mpi.h>
#include <stdio.h>
int main(int argc, char** argv) {
// Initialize the MPI environment. The two arguments to MPI Init are not
// currently used by MPI implementations, but are there in case future
// implementations might need the arguments.
MPI_Init(NULL, NULL);
// Get the number of processes
int world_size;
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &world_size);
// Get the rank of the process
int world_rank;
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &world_rank);
// Get the name of the processor
char processor_name[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME];
int name_len;
MPI_Get_processor_name(processor_name, &name_len);
// Print off a hello world message
printf("Hello world from processor %s, rank %d out of %d processors\n",
processor_name, world_rank, world_size);
// Finalize the MPI environment. No more MPI calls can be made after this
MPI_Finalize();
} |
Warning | ||
---|---|---|
| ||
Zbog bind model spajanja, potrebno je koristiti operativne sustave koji su slični operativnom sustavu Supeka Red Hat Enterprise Linux 8.6. Neki od mogućih su: |
Grafički procesori i CUDA
Apptainer pruža podršku za izvršavanje na grafičikim procesorima ako su aplikacije i kontejneri namijenjeni za njihovo korištenje.
Ova mogućnost jednostavno se ostvaruje korištenjem opcije --nv
pri izvršavanju kontejnera komandama exec
ili run
.
Ispod se nalazi primjer izgradnje kontejnera PyTorch v1.13.1 za duboko učenje i njegovo testiranje na pristupnom poslužitelju s grafičkim čvorovima:
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
# spajanje na pristupni poslužitelj
[korisnik@kompjuter:~] $ ssh mkvakic@login-gpu.hpc.srce.hr
# izgradnja pytorch kontejnera
[korisnik@x3000c0s27b0n0:~] $ apptainer build pytorch_1.13.1.sif docker://pytorch/pytorch:1.13.1-cuda11.6-cudnn8-runtime
# print raznih informacija
[korisnik@x3000c0s27b0n0:~] $ apptainer run --nv ./pytorch_1.13.1.sif python -c "import torch; print('Is cuda available?:', torch.cuda.is_available())"
Is cuda available?: True
[korisnik@x3000c0s27b0n0:~] $ apptainer run --nv ./pytorch_1.13.1.sif python -c "import torch; print('Device count:', torch.cuda.device_count())"
Device count: 1
[korisnik@x3000c0s27b0n0:~] $ apptainer run --nv ./pytorch_1.13.1.sif python -c "import torch; print('Current device:', torch.cuda.current_device())"
Current device: 0
[korisnik@x3000c0s27b0n0:~] $ apptainer run --nv ./pytorch_1.13.1.sif python -c "import torch; print('Device name:', torch.cuda.get_device_name(0))"
Device name: NVIDIA A100-PCIE-40GB | ||
Warning | ||
| ||
Zbog bind model spajanja, potrebno je koristiti operativne sustave koji su slični operativnom sustavu Supeka Red Hat Enterprise Linux 8.6: |