...
- zaglavlje s osnovnim condaforge kontejnerom (linije 1 i 2)
%post
poglavlje s instalacijskim naredbama (linije 4 do 9)%environment
poglavlje koje postavlja okoliš za virtualno okruženje MOJKODdatadata_stack
(linije 11 do 22)%runscript
poglavlje koje definira izvršnu naredbu python3 (linije 24 do 26)
...
Code Block | ||||
---|---|---|---|---|
| ||||
Bootstrap: docker From: condaforge/miniforge3 %post conda create -n data_stack python=3.10 -y . /opt/conda/bin/activate conda activate data_stack pip3 install numpy scipy pandas matplotlib ipython %environment export PS1='(data_stack) Apptainer> ' export PATH='/opt/conda/envs/data_stack/bin:/opt/conda/condabin:/opt/conda/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/ usr/bin:/sbin:/bin' export CONDA_PREFIX='/opt/conda/envs/data_stack' export CONDA_SHLVL='1' export CONDA_DEFAULT_ENV='data_stack' export CONDA_PROMPT_MODIFIER='(data_stack) ' export CONDA_EXE='/opt/conda/bin/conda' export _CE_M='' export _CE_CONDA='' export CONDA_PYTHON_EXE='/opt/conda/bin/python' %runscript exec python3 $@ |
Izgradnja na Supeku
U slučaju da niste u mogućnosti izgraditi kontejner na svojem osobnom računalu, pružamo mogućnost izgradnje kontejnera na pristupnom poslužitelju login-gpu.hpc.srce.hr
Pri izgradnji, treba pripaziti na sljedeće:
- graditi u direktoriju
/scratch
, koji nije dio Lustre dijeljenog datotečnog sustava - prebaciti kreirani image nazad u vaš korisnički direktorij, jer u protivnom neće biti vidljiv izvan pristupnog čvora
login-gpu.hpc.srce.hr
- nakon izgradnje obrisati sve kreirane datoteke
Primjer izgradnje osnovnog ubuntu v20.04 imagea:
- spajanje na
login-gpu.hpc.srce.hr
(linija 1) - pomicanje u
/scratch
i stvaranje posebnog direktorija za izgradnju (linije 3 do 5) - izgradnja kontejnera i njegovo prebacivanje nazad u korisnički direktorij (linije 6 i 7)
- pomicanje u korisnički direktorij i brisanje
/scratch
direktorija za izgradnju (linija 8 i 9)
Code Block | ||||
---|---|---|---|---|
| ||||
[korisnik@kompjuter ~]$ ssh korisnik@login-gpu.hpc.srce.hr
Last login: Wed May 24 09:23:06 2023 from x.x.x.x
[korisnik@x3000c0s27b0n0 ~]$ cd /scratch
[korisnik@x3000c0s27b0n0 scratch]$ mkdir ${USER}-apptainer
[korisnik@x3000c0s27b0n0 scratch]$ cd ${USER}-apptainer
[korisnik@x3000c0s27b0n0 korisnik-apptainer]$ apptainer build ubuntu_20.04.sif docker://ubuntu:20.04
[korisnik@x3000c0s27b0n0 korisnik-apptainer]$ mv ubuntu_20.04.sif ~
[korisnik@x3000c0s27b0n0 korisnik-apptainer]$ cd ~
[korisnik@x3000c0s27b0n0 korisnik-apptainer]$ rm -rf /scratch/${USER}-apptainer |
Kako dalje?
Anchor | ||||
---|---|---|---|---|
|
...