...
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| linenumbers | true |
|---|
|
#!/bin/bash
#PBS -q cpu
#PBS -l select=8:ncpus=4
#PBS -l place=scatter
MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)
cd ${PBS_O_WORKDIR}
mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} --ppn 1 -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth gmx mdrun -v -deffnm md |
cray-pals
Za izvođenje aplikacija koje koriste paralelizaciju MPI (ili hibridno MPI+OMP) potrebno je podignuti modul cray-pals prije pozivanja naredbe mpiexec, čime se osigurava ispravna integracija Vaše aplikacije sa sustavom za podnošenje poslova PBS Pro i Crayevom inačicom aplikacije MPI mpiexec baziranoj na implementaciji MPICH.
Primjer pozivanja ovog modula i izvršavanje paralelne aplikacije na dva procesora:
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| linenumbers | true |
|---|
|
#!/bin/bash
#PBS -l ncpus=2
module load cray-pals
mpiexec -np 2 moja_aplikacija_MPI
|
Varijable okoliša koje će naredba mpiexec podesiti na svakom od rangova MPI biti će:
| Varijabla okoliša | Opis |
|---|
| PALS_APID | Jedinstveni identifikator aplikacije koju ste izvršili |
| PALS_DEPTH | Broj procesorskih jezgri po rangu |
| PALS_LOCAL_RANKID | Lokalni rang procesa MPI (ako se posao vrši na više čvorova) |
| PALS_RANKID | Totalni rang procesa MPI |
| PALS_NODEID | Redni broj lokalnog čvora (ako se posao vrši na više njih) |
| PALS_SPOOL_DIR | Privremeni direktorij |
| Note |
|---|
| title | Znastvene aplikacije na Supeku i cray-pals |
|---|
|
Znanstvene aplikacije koje su dostupne na Supeku putem modulefiles alata u sebi već pozivaju ovaj modul, stoga ga nije potrebno opet podizati. |
Praćenje i upravljanje izvođenja posla
...
