Jednom uneseni projekt briše se u slučaju duplog ili višestrukog unosa, ili ako je zapis očita greška.
Zapise mogu brisati samo superadministratori CroRIS-a.
Zahtjev za brisanjem ispravnih zapisa šalje na adresu korisničke podrške podrska@croris.hr koordinator ustanove koja traži brisanje, odnosno urednik modula Projekti pri toj ustanovi te predstavnik nadležnog tijela ustanove koje je donijelo takvu odluku. U prepisku moraju biti uključene sve tri osobe.
Ukoliko ustanova nema imenovanog CroRIS koordinatora, pa onda ni urednika modula, zahtjev za brisanjem zapisa upućuje odgovorna osoba ustanove.