Page tree
Skip to end of metadata
Go to start of metadata
Sadržaj

Uvod


Registracija je obavezna za korištenje računalnih resursa EGI-ja. Korisnici EGI-ja se grupiraju u virtualne organizacije (VO-ove).

Registracija se sastoji od sljedećih koraka.

Pretraživanje aplikacija prema virtualnim organizacijama


Trenutno se na EGI sustavu nalazi velik broj dostupnih aplikacija spremnih za korištenje. Korisnicima se preporuča prije prijave u VO provjeriti koje aplikacije su dostupne.

Portal EGI Applications Database omogućuje pristup bazi podataka aplikacija za EGI grid. Baza pohranjuje podatke o posebno prilagođenim računalnim alatima za znanstvenike i razvijatelje znanstvenih aplikacija, te o timovima koji su ih razvili. Aplikacije i alati spremljeni u bazu su gotovi proizvodi, spremni za korištenje na EGI sustavu i drugim europskim sustavima distribuiranog računarstva (DSI).

Read-only pristup bazi je dostupan svima, a korisnici s računom EGI SSO mogu ostvariti write-enabled pristup ukoliko se prijave. Portal omogućuje pretragu dostupnih aplikacija te listu aplikacija po VO-ima.

Evo nekoliko aplikacija koje su navedene na EGI Applications Database portalu.

Amber

"Amber" se odnosi na dvije stvari: skup molekularnih mehaničkih polja sile za simulaciju biomolekula (koji su u javnoj domeni, i koriste se u raznim simulacijskim programima) i paketa programa molekularnih simulacija koji uključuje izvorni kod i demo aplikacije. Trenutna verzija Amber-a je verzija 10, koja je distribuirana kroz UCSF i vezana je za licencni ugovor.

Gromacs

GROMACS je svestran paket za računanje molekulske dinamike, tj. simuliranje Newton-ovih jednadžbi gibanja za sustave sa stotinama milijuna čestica. Prvenstveno je dizajniran za biokemijske molekule kao što su proteini i lipidi koji imaju mnogo kompleksnih bonded interakcija, ali budući da je GROMACS vrlo brz prilikom izračunavanja nonbonded interakcija (koje obično prevladavaju u simulacijama) mnoge grupe ga također koriste za istraživanje ne-bioloških sustava, npr. polimera.

MRPD (Multiresolution and Protein Docking)

Ova aplikacija nastoji dobiti atomske strukture proteinskih kompleksa od djelomičnog znanja o strukturi kompleksa i njegovih komponenti. Ovisno o izvorima informacija, različite vrste docking problema se rješavaju: Multiresolution Docking i Protein-Protein Docking. U multiresolution Docking-u različite komponente ili modeli sidre pojedinačno, tako da paralelni zadatak mora izračunati docking za samo jedan ili nekolicinu objekata. U protein-protein docking-u, prostor pretraživanja je podijeljen u onoliko regija koliko ima paralelnih zadataka. Naime, translacijski prostor (pozicije oko proteina) je podijeljen, tako da svaki zadatak paralelno obavlja rotacijsku pretragu jednog proteina preko pozicija u dodijeljenoj regiji. Aplikacija koristi standardni DRMAA API koje omogućuje GridWay.

Prijava osobe u VO koji je podržan od EGI-ja


Ukoliko osoba ne posjeduje važeći SRCE CA certfikat potrebno je podnijeti zahtjev za korisničkim certifikatom.

Sučelje za pregled postojećih VO-ova moguće je pronaći ovdje. U nastavku je opisana procedura prijave korisnika u VO putem sučelja.

Pronaći VO iz liste dostupne na navedenoj stranici

Moguće je pretraživati VO-ove prema području istraživanja:

  • polje Scope se postavlja na željenu NGI organizaciju ili na Global što znači da se pretražuje bez obzira na NGI organizaciju
  • polje Discipline se postavlja na željeno područje istraživanja ili na -- indifferent -- (sva područja)

ili prema nazivu

  • tada se polje VO name postavlja na željeni VO

Pritiskom na Search sustav će ispisati listu VO-ova koje zadovoljavaju uvjete pretrage

Podnijeti prijavu za pristup VO

Pritiskom na križić u krugu koji se nalazi lijevo od imena VO-a (obilježen crveno na slici) u popisu dobivenom pretragom otvaraju se detaljne informacije o VO.

odnošenje prijave:

  • Podnošenje prijave VO najlakše je obaviti putem Enrollment URL-a koji se nalazi u detaljima VO-a (obilježen zeleno na slici).
  • Ukoliko u detaljima VO-a nije naveden Enrollment URL tada se VO može kontaktirati putem sustava za slanje poruka integriranog u Operations Portalu (prikazano na slici dolje). Poruka se šalje osobi navedenoj u Generic Contacts bloku (obilježen ljubičasto na slici) u detaljima VO-a. Identifikator koji određuje kome se šalje poruka je označen sa DN.
  • Ukoliko nisu navedeni ni Generic Contacts u detaljima VO-a tada još preostaje probati kontaktirati VO putem Homepage stranice VO-a. Homepage stranica je navedena u detaljima i u osnovnom ispisu (obilježen plavo na slici)

Akcija kontaktne/odgovorne osobe VO-a


Nakon podnošenja prijave za pristup VO-u, odgovorna osoba VO-a odobrava zahtjev za članstvom te postavlja odgovarajuća prava za korištenje računalnih resursa unutar EGI organizacije.

  • No labels